4D模型中A549循环肿瘤细胞的基因表达谱
该数据集来自omicsdi.org，收录了A549肺癌细胞在体外4D肺癌模型中形成的循环肿瘤细胞（CTC）与常规培养皿（2D）培养的同一细胞的基因表达谱比较数据，使用Human OneArray v5芯片检测
基本信息
资源简介
4D模型中A549循环肿瘤细胞的基因表达谱
该数据集名为“Gene expression profile of A549 Circulating Tumor Cells from 4D Model.”，来源于omicsdi.org，属于肿瘤/肺癌领域，主题标签为Transcriptomics。数据集收录了A549肺癌细胞在体外4D肺癌模型中形成的循环肿瘤细胞（CTC）与常规培养皿（2D）培养的同一细胞的基因表达谱比较数据，使用Human OneArray v5芯片检测。整体而言，该数据集聚焦于循环肿瘤细胞在体外模型中的基因表达特征，为理解肺癌转移相关细胞行为提供了转录组层面的比较资源。
【数据集背景】
在癌症研究中，循环肿瘤细胞（CTCs）被认为与肿瘤转移密切相关。然而，目前缺乏能够分离这类细胞的体外模型。为应对这一问题，相关研究开发了一种体外4D肺癌模型，该模型能够形成可灌注的肿瘤结节并产生CTCs。该数据集正是在这一背景下产生，旨在通过基因表达谱分析，比较A549细胞在4D模型中作为循环肿瘤细胞与在常规2D培养皿中生长的差异，从而揭示与循环肿瘤细胞相关的基因表达变化。
【数据内容】
该数据集的核心内容是基因表达谱比较数据。具体而言，研究比较了A549细胞（一种人肺癌细胞系）在培养皿（2D）中生长与在体外模型（4D/CTC）中作为循环肿瘤细胞时的基因表达谱。检测使用Human OneArray v5芯片完成。源站描述指出，基因阵列分析显示，当比较来自接种A549细胞的4D模型的CTCs与在培养皿（2D）中生长的相同细胞时，发现了2504个差异表达基因。这些数据反映了两种培养条件下细胞转录组层面的差异，主题标签为Transcriptomics，表明其属于转录组学范畴。
【采集与来源】
该数据集来源于omicsdi.org。根据源站描述，其采集过程涉及体外4D肺癌模型的构建，该模型能够形成可灌注的肿瘤结节并产生CTCs。研究中使用的细胞为A549人肺癌细胞系。比较对象包括在培养皿（2D）中生长的A549细胞，以及在体外4D模型中作为循环肿瘤细胞的同一细胞。基因表达检测采用Human OneArray v5芯片。关于样本采集的具体时间点、重复次数、患者信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究，尤其是肺癌循环肿瘤细胞的基因表达分析。潜在应用包括：比较2D与4D培养条件下A549细胞的基因表达差异，识别与循环肿瘤细胞相关的差异表达基因，探索体外4D模型在模拟循环肿瘤细胞方面的适用性，以及为肺癌转移机制研究提供转录组层面的参考数据。此外，该数据集也可用于方法学比较，例如评估不同体外模型对细胞基因表达谱的影响。
【使用方法】
该数据集以基因表达谱形式提供，用户可通过omicsdi.org获取。使用时可结合Human OneArray v5芯片平台的特点进行数据分析。由于源站描述中提及了2504个差异表达基因，用户可重点关注这些差异基因及其涉及的生物学通路。具体的数据下载格式、预处理步骤、归一化方法、分析工具等，源站未提供。建议用户参考原始数据文件及配套说明进行操作。
【质量与限制】
该数据集基于Human OneArray v5芯片检测，提供了A549细胞在2D与4D/CTC条件下的基因表达比较。然而，源站未提供关于样本量、重复实验次数、数据质量控制指标、缺失值处理、批次效应校正等信息。此外，该数据集仅涉及A549细胞系，可能无法完全代表其他肺癌细胞或原代循环肿瘤细胞的特性。关于数据的具体质量评估、验证实验、局限性讨论等，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、作者信息、发表文献等，源站未提供。用户在使用时应自行查阅omicsdi.org上的相关条目以获取最新信息。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-50991
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
癌症患者体内的循环肿瘤细胞（CTCs）被认为与转移有关。目前，尚无体外模型能够分离这一细胞群。我们开发了一种体外4D肺癌模型，该模型能形成可灌注的肿瘤结节并生成CTCs。基因阵列分析显示，当比较接种了A549细胞的4D模型中分离出的CTCs与在培养皿（2D）中生长的相同细胞时，有2504个差异表达基因。我们对比了在培养皿（2D）中生长的人肺癌细胞系A549细胞与在我们体外模型（4D/CTC）中作为循环肿瘤细胞的相同细胞的基因表达谱（Human OneArray v5芯片）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托三甲直采网络，提供合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
