4D模型组织来源A549细胞基因表达谱预测肺癌患者不良预后
肿瘤微环境参与调控细胞生长与转移。建立体外肺癌模型（4D），在肺基质上形成可灌注肿瘤结节，模拟人肺癌组织病理学与蛋白酶分泌模式
基本信息
资源简介
4D模型组织来源A549细胞基因表达谱预测肺癌患者不良预后
肿瘤微环境参与调控细胞生长与转移。建立体外肺癌模型（4D），在肺基质上形成可灌注肿瘤结节，模拟人肺癌组织病理学与蛋白酶分泌模式。比较A549细胞在培养皿（2D）、matrigel（3D）与4D模型的表达，发现2D与4D间有2954个差异基因；4D较2D特征与1492例肺癌患者较差生存相关，3D较2D与较好生存相关，4D模型或比3D模型更能模拟肺癌自然进展（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：肿瘤微环境在调节细胞生长和转移中发挥重要作用。最近，我们开发了一种离体肺癌模型（4D），该模型可在肺基质上形成可灌注的肿瘤结节，模拟人肺癌的组织病理学和蛋白酶分泌模式。我们比较了在培养皿（2D）中生长的人肺癌细胞系A549细胞与在我们离体模型基质（4D）中生长的相同细胞的基因表达谱（Human OneArray v5芯片）。此外，我们从一项既往研究中获得了在培养皿（2D）和Matrigel（3D）中生长的A549细胞的基因表达数据，并将3D表达谱与4D表达谱进行了比较。表达芯片分析显示，2D与4D之间有2954个基因差异表达。基因本体（GO）分析显示，与细胞外基质、极性以及细胞命运和发育相关的若干基因上调。此外，2D与3D的表达芯片分析显示，有269个基因差异表达最显著，其中仅35个基因（13%）具有与2D和4D之间观察到的相似表达模式。最后，4D细胞（相较于2D）的差异基因表达特征与肺癌患者（n=1492）的不良生存显著相关，而3D相较于2D的表达特征则与肺癌患者的较好生存相关。由于肿瘤较大的患者往往生存较差，离体4D模型可能比3D模型提供更多特征，从而更好地模拟肺癌患者中肿瘤生长的自然进程。我们比较了在培养皿（2D）中生长的人肺癌细胞系A549细胞与在我们离体模型基质（4D）中生长的相同细胞的基因表达谱（Human OneArray v5芯片）。
【主题与分类】
主题标签：Transcriptomics。本站分类：肿瘤/肺癌。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-45142
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- OpenDataLab:
数据说明
肿瘤微环境在调节细胞生长和转移中发挥重要作用。最近，我们开发了一种离体肺癌模型（4D），该模型可在肺基质上形成可灌注的肿瘤结节，模拟人肺癌的组织病理学和蛋白酶分泌模式。我们比较了在培养皿（2D）中生长的人肺癌细胞系A549细胞与在我们离体模型基质（4D）中生长的相同细胞的基因表达谱（Human OneArray v5芯片）。此外，我们从一项既往研究中获得了在培养皿（2D）和Matrigel（3D）中生长的A549细胞的基因表达数据，并将3D表达谱与4D表达谱进行了比较。表达芯片分析显示，2D与4D之间有2954个基因差异表达。基因本体（GO）分析显示，与细胞外基质、极性以及细胞命运和发育相关的若干基因上调。此外，2D与3D的表达芯片分析显示，有269个基因差异表达最显著，其中仅35个基因（13%）具有与2D和4D之间观察到的相似表达模式。最后，4D细胞（相较于2D）的差异基因表达特征与肺癌患者（n=1492）的不良生存显著相关，而3D相较于2D的表达特征则与肺癌患者的较好生存相关。由于肿瘤较大的患者往往生存较差，离体4D模型可能比3D模型提供更多特征，从而更好地模拟肺癌患者中肿瘤生长的自然进程。我们比较了在培养皿（2D）中生长的人肺癌细胞系A549细胞与在我们离体模型基质（4D）中生长的相同细胞的基因表达谱（Human OneArray v5芯片）。
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