小鼠肺肿瘤表达数量性状位点(eQTL)分析

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-71232

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数据说明

为检测影响小鼠肺肿瘤组织基因表达的遗传变异，我们对由氨基甲酸乙酯诱导的肺肿瘤转录组进行了遗传连锁研究，研究对象为(A/J x C57BL/6)F4互交群体，其个体肺肿瘤多发性(Nlung)与肺腺瘤易感性1(Pas1)位点（包含Kras-37-bp标记）的基因型相关联。具体而言，易感动物以纯合或杂合形式携带A/J来源的Pas1版本，而抗肿瘤动物则携带C57BL/6来源的版本。我们发现，分别有1，179个和1，579个基因的表达水平受到顺式和反式表达数量性状位点(eQTL)的调控(LOD评分 > 5)。值得注意的是，Pas1位点周围及包含该位点的基因组区域顺式调控了14个基因，反式调控了857个基因。在同一(A/J x C57BL/6)F4小鼠的肺肿瘤中，我们发现了1，124个基因的转录水平与Nlung相关(FDR < 0.001)。这些基因中约三分之一(n = 401)的表达水平受Pas1位点基因型的调控。

对与Nlung相关且受Pas1调控的基因集进行通路分析，揭示出一组14个反复出现的基因，它们是Ras–Erk和Pi3k–Akt信号通路的组分或靶点。总之，我们的结果描绘了小鼠肺癌中基因表达的种系控制架构：它们凸显了Pas1作为肿瘤修饰位点的重要性，赋予其作为肺肿瘤结节中转录主要调控因子的新角色，并加强了Kras基因作为该位点效应因子的候选资格。将肺肿瘤易感性A/J品系（A）的雌性动物与肺肿瘤抗性C57BL/6品系（B）的雄性动物交配，后代繁育至第四代（ABF4）。在4周龄时，143只雄性ABF4小鼠接受单次腹腔注射化学致癌物氨基甲酸乙酯以诱导发

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。