肺癌细胞系A549和HTB56全基因组甲基化变化检测

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-52144

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

癌细胞表型部分由DNA甲基化等表观遗传学特征决定。转移的发生是癌症形成过程中的晚期事件，可能与表观遗传学改变有关。在此，我们利用Illumina HumanMethylation27 BeadChip平台，分析了非小细胞肺癌中与促转移表型相关的全基因组DNA甲基化变化。我们研究了肺癌细胞系A549（A）和HTB56（H）的全基因组甲基化变化。我们构建了经静脉注射后在小鼠肺内形成肿瘤结节倾向显著增强的NSCLC细胞系。除正常细胞系（0R）外，我们还分析了经过三轮体内筛选以获得高转移表型的细胞系（3R）的甲基化组。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。