Smad4缺失时ErbB2通路激活促进肺肿瘤生长与转移[表达]

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-57133

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺癌仍是癌症死亡的首要原因。对鳞状细胞癌患者肺部肿瘤的基因组测序发现，SMAD4 频繁发生突变。在此，我们使用一种新型小鼠模型来确定由 Smad4 缺失调控并导致肺癌进展的分子机制。气道上皮中 Pten 和 Smad4 缺失的小鼠发生了转移性腺鳞癌。比较转录组学和体内顺式调控组学分析确定，PTEN 和 SMAD4 缺失导致 ELF3 和 ErbB2 通路激活，原因是 ERRFI1 表达降低；ERRFI1 是小鼠和人细胞中 ERBB2 的负调控因子。对 ErbB2 和 Akt 信号通路的联合抑制分别减轻了肿瘤进展和细胞侵袭。对人肺肿瘤的表达谱分析证实了 ErbB2/Akt/ELF3 信号通路作为肺癌预后生物标志物和治疗药物靶点的重要性。微阵列数据包括两个不同年龄的小鼠肺样本。晚期阶段研究的微阵列是在12月龄野生型小鼠肺和 Ptend/dSmad4d/d 小鼠肺肿瘤上进行的。该研究用于鉴定肺肿瘤与野生型肺之间显著变化的基因。早期阶段研究的微阵列是在7月龄野生型、Ptend/d 和 Ptend/dSmad4d/d 小鼠肺上进行的。该研究用于鉴定在肺肿瘤发生和转移之前显著变化的驱动基因。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。