COPD患者肺组织LCM微活检测序样本数据集
该数据集来自omicsdi.org，包含COPD患者离体肺组织经LCM获取的微活检样本测序数据。研究旨在评估肺组织内的突变负荷、突变谱及克隆动态，通过对肺多个区域深度采样，判断不同部位是否存在吸烟相关突变负荷差异
基本信息
资源简介
COPD患者肺组织LCM微活检测序样本数据集
该数据集收录了来自慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者离体肺组织的微活检样本测序数据。这些微活检样本通过激光捕获显微切割（LCM）技术获取，研究目标在于评估肺组织内部的突变负荷、突变谱以及克隆动态。研究设计强调对肺的多个区域进行深度采样，以判断不同部位之间是否存在吸烟相关突变负荷的差异。在此基础上，研究计划对初步靶向数据中显示有研究价值的样本开展全基因组测序，并将这部分结果与其他吸烟相关疾病个体以及正常、非吸烟肺组织进行比较。该数据集汇集了截至2021年2月2日该项研究可用的全部数据。
【数据集背景】
该数据集所属研究聚焦于吸烟相关肺部疾病中的基因组改变。研究对象为COPD患者的离体肺组织，研究关注的核心问题是肺组织内部的突变负荷、突变谱与克隆动态。通过从肺的多个区域进行深度采样，研究试图回答一个具体问题：吸烟相关突变负荷在肺的不同部位之间是否存在差异。研究还计划将本部分结果与其他患有吸烟相关疾病（包括COPD、肺纤维化和肺癌）的个体，以及正常、非吸烟的肺组织进行对比。这一设计将COPD肺组织的局部突变特征置于更广泛的吸烟相关疾病谱系中加以考察。该数据集在分类上归属于肿瘤/肺癌方向，主题标签为基因组学。
【数据内容】
该数据集包含COPD患者离体肺组织经LCM获取的微活检样本的测序数据。研究采用分阶段策略：先进行靶向测序，从中识别出有研究价值的样本，再对这些样本开展全基因组测序。因此，数据内容涉及靶向数据和全基因组测序数据两个层面。数据集名称中包含样本（samples）字样，表明其以样本为单位组织数据。该数据集汇集了截至2021年2月2日该项研究可用的全部数据。除上述信息外，关于样本数量、测序深度、覆盖范围、数据文件格式与体积等具体内容，源站未提供。
【采集与来源】
样本来源于COPD患者的离体肺组织。微活检的获取方式为激光捕获显微切割（LCM），该技术可从组织切片中精确分离特定区域，适合对肺内不同部位进行定位采样。研究对肺的多个区域进行深度采样，以支持区域间突变负荷差异的比较分析。该数据集来源于omicsdi.org。除上述信息外，关于样本采集的具体时间、地点、机构、患者数量与临床特征、伦理审批信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与吸烟相关肺部疾病基因组改变有关的研究场景，包括评估肺组织内的突变负荷、刻画突变谱、分析克隆动态，以及比较肺不同区域之间吸烟相关突变负荷的差异。由于研究设计包含与其他吸烟相关疾病（COPD、肺纤维化、肺癌）个体及正常、非吸烟肺组织的比较，该数据集也可用于跨疾病或跨人群的对照性分析。此外，基于LCM的微活检测序数据可用于探索局部组织区域层面的基因组异质性。除上述方向外，其他具体应用场景源站未提供。
【使用方法】
该数据集包含靶向测序数据与全基因组测序数据，使用时可依据研究目的分别或联合分析。对于区域间突变负荷差异的问题，可按肺内采样区域对样本进行分组比较。对于克隆动态分析，可结合靶向数据与全基因组数据推断克隆结构及其在组织中的分布。研究设计中提及以初步靶向数据筛选出有研究价值的样本再行全基因组测序，因此两类数据之间存在筛选与深化的关系。关于数据下载方式、文件组织格式、分析流程与推荐工具等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为COPD患者离体肺组织的LCM微活检测序数据，样本来源集中于COPD这一疾病背景，研究目的之一是与肺癌等其他吸烟相关疾病及正常非吸烟肺组织进行比较，但数据集本身所涵盖的疾病范围以源站描述为准。数据集汇集的是截至2021年2月2日可用的全部数据，后续是否更新源站未提供。关于样本量、测序质量指标、覆盖度、批次效应、缺失数据情况以及潜在偏倚等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于omicsdi.org。关于数据集的引用方式、原始文献、作者列表、许可协议与使用条款等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001006932
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Sequencing of LCM-derived microbiopsies from explanted lung from COPD patient. Goal to assess the mutational burden, spectrum, and clonal dynamics within the tissue. Deep sampling throughout multiple regions of the lung will determine whether there are differences in smoking-related mutaiton burden in different portions of the lung. Whole-genome sequencing will be conducted on samples identified as promising from the initial targeted data. Results from this poriton of the study will be compared to other individuals with smoking-related diseases (COPD, pulmonary fibrosis, lung cancer), and normal, non-smoking lungs. . This dataset contains all the data available for this study on 2021-02-02.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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