EGAS00001003320-sc-2020-02-20T14:26:47Z 样本数据集
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/肺癌分类，主题标签为 Genomics。数据为 COPD 患者离体肺组织经 LCM 获取的微生物活检样本测序结果，旨在评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，并通过肺内多区域深度采样判断不同部位吸烟相关突变负荷是否存在差异
基本信息
资源简介
EGAS00001003320-sc-2020-02-20T14:26:47Z 样本数据集
该数据集英文名为 EGAS00001003320-sc-2020-02-20T14:26:47Z - samples，来源于 omicsdi.org，在分类上属于肿瘤 / 肺癌方向，主题标签为 Genomics。其核心内容是对 COPD 患者离体肺组织经 LCM 获取的微生物活检样本进行测序，目标是评估组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态。研究通过对肺内多个区域进行深度采样，判断不同部位之间吸烟相关突变负荷是否存在差异。该数据集包含截至 2020 年 2 月 20 日该项研究可获取的全部数据，整体围绕肺部组织的基因组学特征展开，服务于吸烟相关疾病背景下肺组织突变情况的研究需求。
【数据集背景】
该数据集所对应的研究聚焦于 COPD 患者离体肺组织。研究背景与吸烟相关疾病相关，源站描述中明确提及将把本部分研究结果与其他患有吸烟相关疾病（COPD、肺纤维化、肺癌）的个体以及正常、非吸烟肺进行比较。研究关注的核心问题包括组织内的突变负荷、突变谱和克隆动态，并进一步探讨肺内不同区域的吸烟相关突变负荷是否存在差异。数据集主题标签为 Genomics，本站分类为肿瘤 / 肺癌，来源站为 omicsdi.org。
【数据内容】
该数据集包含对 LCM 来源的微生物活检样本进行测序所获得的数据。LCM 即激光显微切割，用于从离体肺组织中获取微生物活检样本。研究计划在肺的多个区域进行深度采样，以评估不同部位吸烟相关突变负荷的差异。源站描述还指出，将对在初始靶向数据中被认为有前景的样本进行全基因组测序。该数据集包含截至 2020 年 2 月 20 日该项研究可获取的全部数据。关于样本数量、测序深度、具体突变位点、基因列表、数据文件格式与体积等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。样本来自 COPD 患者离体肺组织，经 LCM 获取微生物活检样本。研究涉及对肺内多个区域进行深度采样。源站描述提到，全基因组测序将针对从初始靶向数据中识别出的有前景样本开展。关于患者数量、采样区域数量、具体采样位置、样本处理流程、测序平台与建库方法等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与吸烟相关肺部疾病相关的基因组学研究场景，尤其是围绕 COPD 患者肺组织突变负荷、突变谱和克隆动态的分析。由于研究设计包含肺内多区域深度采样，可用于探讨不同肺区域之间吸烟相关突变负荷是否存在差异。源站描述还表明，该部分研究结果将与其他吸烟相关疾病个体（COPD、肺纤维化、肺癌）以及正常、非吸烟肺进行比较，因此也可服务于跨疾病或病例对照性质的比较研究。关于具体分析流程、统计方法或验证方案，源站未提供。
【使用方法】
该数据集包含截至 2020 年 2 月 20 日该项研究可获取的全部数据。关于数据下载方式、访问入口、文件组织方式、分析工具、参考基因组版本、数据处理步骤等，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤 / 肺癌分类，主题标签为 Genomics。其研究目标明确，涉及 COPD 患者离体肺组织的 LCM 微生物活检样本测序，并计划对初始靶向数据中有前景的样本进行全基因组测序。数据集包含截至 2020 年 2 月 20 日可获取的全部数据。关于样本量、覆盖度、数据完整性、批次效应、质控指标、测序错误率、临床信息丰富程度等质量与限制相关细节，源站未提供。
【引用与许可】
关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、数据访问权限、伦理审批信息等，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005990
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Sequencing of LCM-derived microbiopsies from explanted lung from COPD patient. Goal to assess the mutational burden, spectrum, and clonal dynamics within the tissue. Deep sampling throughout multiple regions of the lung will determine whether there are differences in smoking-related mutation burden in different portions of the lung. Whole-genome sequencing will be conducted on samples identified as promising from the initial targeted data. Results from this portion of the study will be compared to other individuals with smoking-related diseases (COPD, pulmonary fibrosis, lung cancer), and normal, non-smoking lungs. . This dataset contains all the data available for this study on 2020-02-20.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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