人类唾液转录组生物标志物特征用于检测肺癌的开发

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-32175

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Affymetrix HG U133 Plus 2.0 Array（Affymetrix, Santa Clara, CA）用于分析唾液上清液中的转录组，并发现发生改变的基因表达。在10例肺癌患者和10名匹配对照者中进行了唾液转录组生物标志物发现。发现了7种信使RNA生物标志物并进行了预验证。本研究包括两个阶段，即发现阶段，随后是预验证阶段。选择10份肺癌样本和10份匹配对照样本用于生物标志物发现阶段。转录组学方法使用Affymetrix HG U133 Plus 2.0 Array（Affymetrix, Santa Clara, CA）对来自10例肺癌患者和10名健康对照受试者的唾液上清液样本进行了分析。从微阵列研究中鉴定出的生物标志物首先使用发现样本集（10例肺癌和10例健康对照）进行了验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。