CD99是非小细胞肺癌中一种新的预后基质标志物

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-33363

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数据说明

癌细胞与周围基质之间微妙的相互作用在肿瘤发生的所有阶段都起着至关重要的作用。尽管这种相互作用意义重大，但肿瘤-基质相互作用背后的蛋白质组成变化在很大程度上仍不为人知。本研究的目的是识别在非小细胞肺癌中具有临床相关性的基质蛋白。基于基因表达阵列数据和现有文献，编制了一份包含203个基质候选基因的列表。利用人类蛋白质图谱筛选了这些基因在人类NSCLC中的蛋白质表达。选择了12种显示出差异基质染色模式的蛋白质。将相应的抗体应用于包含190个NSCLC样本的组织微阵列上，并将基质染色与临床参数进行相关性分析。CD99的较高基质表达与单变量（p=0.037）和多变量（p=0.039）分析中的良好预后相关。这种关联独立于肿瘤基质的总比例、炎症细胞的比例，以及分期、体能状态和肿瘤组织学等临床和病理参数。

基质CD99蛋白表达的预后影响在一个包含240名NSCLC患者的独立队列中得到证实（p=0.008）。此外，双染共聚焦荧光显微镜显示，CD99在基质淋巴细胞以及癌相关成纤维细胞中均有表达。基于综合筛选策略，膜蛋白CD99被鉴定为一种具有临床相关性的新型基质因子。该结果支持了基质特性对肿瘤发生具有显著影响这一概念。将来自五个肿瘤的组织与来自同一组织样本的相应显微切割组织进行了比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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