ADAM-28：与石棉相关肺腺癌的潜在致癌基因

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-20875

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为识别与石棉相关肺腺癌相关的基因表达生物标志物，我们对总共36例原发性肺腺癌的原发肿瘤基因表达进行了分析，使用了包含22,323个元件的微阵列，将12例肺石棉小体计数高于与城市居住相关水平的患者（ARLC-AC：石棉相关肺癌-腺癌）与24例无石棉小体的患者（NARLC-AC：非石棉相关肺癌-腺癌）进行比较。为识别与石棉相关肺肿瘤发生相关的基因表达生物标志物，我们对36例原发性肺腺癌患者的肿瘤进行了基因表达阵列分析，将12例肺石棉小体计数高于与城市居住相关水平的患者（ARLC-AC：石棉相关肺癌-腺癌）与24例无石棉小体的患者（NARLC-AC：非石棉相关肺癌-腺癌）进行比较。标记的第一链cDNA的合成使用Amersham CyScribe Post-Labelling试剂盒进行，起始材料为20微克总RNA。向反应中加入氨基烯丙基标记的dNTP混合物，以生成氨基烯丙基标记的第二链cDNA。

水解反应后，使用Amersham GFX柱纯化单链cDNA探针。通过将cDNA样品与Amersham Cy3（参照）或Cy5（肿瘤）混合并在暗处孵育，进行染料偶联反应。反应物经Amersham GFX柱纯化，以去除未结合/淬灭的染料。纯化后，样品混合进行杂交，标记的cDNA共杂交至22K寡核苷酸微阵列上。载玻片在GMS418共聚焦扫描仪（Agilent）上扫描。根据倍数变化和P值，鉴定出ARLC-AC与NARLC-AC之间差异表达的基因，并利用基因本体论对其进行优先级排序。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。