HCV基因4型相关人肝细胞癌样本转录组表达谱芯片数据

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-326

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）的发病率在全球范围内呈上升趋势，导致癌症患者死亡率居高不下。在埃及，过去十年间该病发病率翻了一番，且丙型肝炎病毒（HCV）患者中的患病率高于国际水平。HCC的病因学和进展机制归因于多种因素，而这些因素在埃及HCV患者中导致发病率异常上升和高患病率的作用仍存争议。这一现状要求开展更多分子水平的研究，以便对现有数据进行整合和大规模荟萃分析，从而得出更可靠的结论。本文介绍了一项针对感染HCV基因4型的埃及HCC患者遗传特征的探索性研究。我们的目标是为此领域已发表的数据提供补充数据集，并揭示一些值得关注的生物学过程。方法：对来自埃及的31例HCV基因4型相关HCC患者的基因表达谱进行了研究，使用了三种cDNA微阵列（15k、10K和15K阵列）。

从肿瘤及其邻近非肿瘤组织中提取RNA，进行标记，并与微阵列杂交。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。