慢性乙型和丙型肝炎中tRNA衍生小RNA增加且丰度高于microRNA

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-57381

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小非编码RNA在转录后水平调控基因表达，并在病毒与宿主相互作用中发挥重要作用。在肝脏内，微小RNA（miRNA）miR-122对丙型肝炎病毒（HCV）的复制至关重要，而乙型肝炎病毒（HBV）对miR-148a的抑制可能促进肿瘤发生。尽管这些小RNA对这些感染的结局至关重要，但此前很少有研究描述慢性病毒性肝炎期间肝脏中小RNA的无偏倚分析。在此，我们对慢性乙型和丙型肝炎患者肝脏中的小RNA（14-40个核苷酸）进行了测序。我们发现，来源于tRNA的小RNA，特别是5’ tRNA半分子（“5’ tRHs”，约31-34个核苷酸），在肝脏中含量丰富，并且在人类和黑猩猩的慢性病毒感染期间显著增加。在大多数受感染的肝脏中，5’ tRH的丰度超过了miRNA。相比之下，在这些受试者的肝细胞癌（HCC）组织中，tRH丰度降低，同时tRNA切割核糖核酸酶——血管生成素的表达也下降。

尽管tRHs已在小鼠中被发现，但我们的研究结果显示，它们在人体组织中大量表达，在慢性病毒感染中增加，在肝癌中减少。我们的发现强调了这些小非编码RNA潜在的生物学和临床相关性。对来自对照组受试者（n=4）、慢性乙型肝炎受试者（n=4）和乙型肝炎相关肝细胞癌受试者（n=4，其中3例与癌旁组织配对）以及慢性丙型肝炎受试者（n=4）和同一患者的肝细胞癌组织样本进行了小RNA测序。此外，还对FT3-7细胞中的AGO2和IgG下拉样本进行了小RNA测序。测序了AGO2下拉样本（n=3）、IgG下拉样本（n=2）以及FT3-7细胞的总小RNA（n=3）。该数据集是TransQST集合的一部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。