PRJNA1225162：四种小鼠肝癌样本高置信度线粒体读段比对
数据同时提供标准比对和 shift-mapping 比对，后者将线粒体基因组线性起点移动 8,150 bp 以改善人工断点处的读段比对、降低覆盖偏差
基本信息
资源简介
PRJNA1225162：四种小鼠肝癌样本高置信度线粒体读段比对
该数据集来自 NCBI BioProject PRJNA1225162，包含四种小鼠（C57BL/6J、CAST/EiJ、C3H/HeJ、CAROLI/EiJ）肝癌样本的线粒体读段 BAM 文件，用于 Daunesse 等 2025 年的异质性检测研究。数据同时提供标准比对和 shift-mapping 比对，后者将线粒体基因组线性起点移动 8,150 bp 以改善人工断点处的读段比对、降低覆盖偏差。该数据可用于肝癌中线粒体异质性分析及比对方法评估（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该 BioProject 包含 Daunesse 等 2025 年用于在四种小鼠品系——Mus musculus domesticus（C57BL/6J）、Mus musculus castaneus（CAST/EiJ）、Mus musculus musculus（C3H/HeJ）和 Mus caroli（CAROLI/EiJ）——的肝癌样本中进行异质性检测的线粒体读段 BAM 文件。数据集包括标准比对和 shift-mapping 比对。shift-mapping 方法将线粒体基因组的线性起点重新定位 8,150 bp，以改善人工断点处的读段比对，减少覆盖偏差。
【主题与分类】
主题标签：Other。本站分类：肿瘤/肝癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1225162
下载信息
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数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1225162
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该BioProject包含Daunesse等人2025年研究中用于检测四种小鼠品系异质性（heteroplasmy）的线粒体reads的BAM文件，涉及肝癌样本中的四个品系：Mus musculus domesticus（C57BL/6J）、Mus musculus castaneus（CAST/EiJ）、Mus musculus musculus（C3H/HeJ）和Mus caroli（CAROLI/EiJ）。数据集包括标准比对和移位比对（shift-mapped alignments）。移位比对方法将线粒体基因组的线性起点重新定位8,150 bp，以改善人工断点处的reads比对，减少覆盖度偏差。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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