PRJEB36609：人肝脏单核RNA-seq细胞图谱
肝脏是人体最大的实体器官，也是多数代谢功能发生的场所，由多种细胞类型构成。研究采用单核 RNA-seq（snRNA-seq）技术，探索不同肝细胞群体的基因表达谱，并鉴定出七种不同的亚群，包括肝细胞、肝窦内皮细胞、胆管细胞等
基本信息
资源简介
PRJEB36609：人肝脏单核RNA-seq细胞图谱
肝脏是人体最大的实体器官，也是多数代谢功能发生的场所，由多种细胞类型构成。该数据集围绕这一生物学背景，采用单核 RNA-seq（snRNA-seq）技术，探索不同肝细胞群体的基因表达谱，并鉴定出七种不同的亚群，包括肝细胞、肝窦内皮细胞、胆管细胞等。数据集英文名称为 PRJEB36609，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“A multi-omics approach to liver diseases: integrat... (ID 614338) - BioProject - NCBI”，本站分类归入肿瘤 / 肝癌，主题标签为 Other。整体来看，该数据集提供了在单细胞核水平上解析肝脏细胞组成与基因表达特征的基础资源，有助于理解肝脏这一复杂器官中不同细胞群体的分子特征。
【数据集背景】
肝脏承担人体多数代谢功能，是人体最大的实体器官，并且由多种细胞类型构成。正因这种细胞组成的多样性，理解肝脏中不同细胞群体的基因表达特征，对于认识其正常生理功能以及相关疾病机制具有重要意义。该数据集正是基于这一背景，利用单核 RNA-seq（snRNA-seq）技术，对肝脏中离散的细胞群体进行基因表达谱探索。源站标题显示其与“A multi-omics approach to liver diseases: integrat...”相关，项目编号为 614338，属于 BioProject 数据库记录。本站将其分类为肿瘤 / 肝癌，主题标签为 Other。源站未提供更多关于研究动机、疾病模型或具体科学问题的说明。
【数据内容】
该数据集的核心内容是单核 RNA-seq（snRNA-seq）所获得的肝脏细胞基因表达谱。通过这一技术，研究探索了不同肝细胞群体的基因表达特征，并鉴定出七种不同的亚群，其中包括肝细胞、肝窦内皮细胞、胆管细胞等。数据集英文名 PRJEB36609 对应的描述指出，研究关注的是人体肝脏中这些离散细胞群体的表达谱。除已列出的七种亚群及其中三类细胞外，源站未提供其余亚群的具体名称、细胞数量、基因数量、测序深度或表达矩阵等细节信息。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 数据库，源站标题为“A multi-omics approach to liver diseases: integrat... (ID 614338) - BioProject - NCBI”。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录，这些数据来自单一机构或联合体；BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该数据集的英文名称为 PRJEB36609。除上述来源信息外，源站未提供样本采集地点、供体信息、伦理审批、测序平台或建库方法等具体内容。
【适用场景】
基于现有信息，该数据集适用于围绕肝脏细胞组成与基因表达谱的研究场景，尤其是需要在单核水平上区分肝细胞、肝窦内皮细胞、胆管细胞等不同细胞群体的分析。由于本站分类为肿瘤 / 肝癌，该数据集也可能与肝脏疾病、肝癌相关研究存在关联，但源站未提供其在肿瘤或肝癌方向的具体应用说明。总体而言，其适用场景应限定在利用 snRNA-seq 数据探索肝脏离散细胞群体表达特征的范围之内。源站未提供其他明确的应用场景描述。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或参数设置等。用户如需使用，应参考 BioProject 记录所提供的链接与说明，自行判断如何获取和利用该项目产生的数据。源站未提供相关操作指引。
【质量与限制】
源站未提供该数据集的质量评估信息，例如测序质量、细胞过滤标准、批次效应处理或数据完整性指标等。已知的限制是：该数据集基于单核 RNA-seq 技术，其描述仅涉及七种亚群的鉴定以及肝细胞、肝窦内皮细胞、胆管细胞等部分细胞类型，其余亚群信息、样本规模与统计效力均未在现有信息中说明。源站未提供其他质量与限制方面的内容。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可信息。该数据集记录于 NCBI BioProject，编号为 614338，英文名称为 PRJEB36609，用户在使用时应遵循来源站点的相关要求。源站未提供具体的引用格式或授权条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB36609
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肝脏是最大的实体器官，也是主要的代谢中心。近年来，完整细胞核被用于对难以解离的组织及速冻存档组织样本进行单核RNA测序（snRNA-seq），以发现未知和罕见的细胞亚群。在本研究中，我们对一份肝脏样本进行了snRNA-seq，基于核转录组学识别细胞亚群。在4，282个单核中，我们平均检测到1，377个活跃基因，并鉴定了七种主要细胞类型。我们整合了来自同一肝脏样本的靶向染色体构象捕获技术（HiCap）的94，286个远端相互作用（p<0.05）数据，涉及7，682个启动子，以及质谱（MS）蛋白质组学数据。使用组织非依赖性基因特异性蛋白质丰度估算因子，我们观察到蛋白质组学与计算机模拟批量snRNA-seq之间存在合理的相关性（r=0.47）。我们特别关注了具有医学重要性的基因。DPYD基因涉及氟嘧啶类药物毒性的药物遗传学，其某些变异体被用于临床目的分析。
我们发现了一个新的推定多态性调控元件，它可能促成毒性变异。肝细胞癌（HCC）是最常见的原发性肝癌类型，我们研究了所有已知的风险基因。我们揭示了SLC2A2基因复杂的调控景观，包含16个候选增强子。在全基因组泛癌分析数据集中，其中三个增强子在HCC中携带体细胞基序破坏及其他突变，有可能是导致恶性肿瘤的因素。我们的研究结果突显了多组学方法在人类疾病研究中的潜力。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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