基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB106098：HCC患者根治性治疗前后PBMCs单细胞RNA测序

PRJEB106098 是一个聚焦肝细胞癌（HCC）患者外周免疫动态的单细胞转录组数据集，收录了六名接受根治性治疗的患者在治疗前后采集的外周血单核细胞（PBMC）样本。所有样本均通过 10x Genomics Chromium 平台完成单细胞 RNA 测序，并提供处理后的基因表达矩阵及配套元数据，共计 12 个样本，其中治疗前与治疗后各 6 个。该数据集可用于观察肿瘤切除前后外周免疫细胞组成与状态的变化，为理解肝癌根治性治疗对外周免疫系统的影响提供数据基础，属于肿瘤/肝癌分类下的单细胞测序资源。

【数据集背景】

肝细胞癌是常见的恶性肿瘤之一，根治性治疗（如手术切除等）后患者外周免疫系统会发生一系列动态变化。外周血单核细胞包含多种免疫细胞类型，是研究机体系统性免疫应答的重要窗口。单细胞 RNA 测序能够在单个细胞水平解析免疫细胞的异质性与组成变化，因此该数据集围绕 HCC 患者根治性治疗前后的 PBMC 展开，旨在支撑对肿瘤移除后外周免疫细胞动态的分析。数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Other。

【数据内容】

该数据集包含六名 HCC 患者根治性治疗前后采集的 PBMC 单细胞 RNA 测序数据，共 12 个样本，治疗前 6 个、治疗后 6 个。数据以处理后形式提供，包括基因表达矩阵以及相关元数据。样本使用 10x Genomics Chromium 平台进行测序分析。数据覆盖治疗前后两个时间点，便于进行配对比较，观察同一患者外周免疫细胞在治疗前后的变化。

【采集与来源】

样本来自六名肝细胞癌患者的外周血单核细胞，分别在根治性治疗前和治疗后采集。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。源站描述说明这些数据用于支持对肿瘤移除后外周免疫细胞动态的分析。关于患者的具体临床信息、治疗方案细节、采样时间间隔及伦理审批信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究 HCC 患者根治性治疗前后外周免疫细胞组成与状态的变化，例如比较治疗前后不同免疫细胞亚群的丰度差异、分析外周免疫细胞对肿瘤移除的响应等。由于提供的是处理后的基因表达矩阵和元数据，也可用于单细胞数据分析流程的练习与验证，或作为肝癌外周免疫研究的参考数据。具体分析方向需结合数据实际内容确定，源站未提供预设的分析结论。

【使用方法】

使用者可基于提供的基因表达矩阵和元数据开展单细胞层面的分析，如细胞聚类、细胞类型注释、治疗前后样本间的差异比较等。由于数据为处理后形式，通常无需从原始测序读段开始处理。分析时应结合样本元数据区分治疗前与治疗后分组，并注意样本来自六名患者，可考虑患者层面的配对设计。源站未提供具体的分析流程或软件参数建议。

【质量与限制】

该数据集样本量为六名患者的 12 个样本，规模相对有限，结论的外推需谨慎。数据为处理后结果，源站未提供原始测序数据质量指标、细胞过滤标准或批次效应处理情况。患者临床特征、治疗方式及采样时间等影响解释的因素，源站未提供。此外，数据集仅涉及外周血单核细胞，不包含肿瘤组织信息。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。使用时应遵循数据来源站 ncbi.nlm.nih.gov 的相关规定，具体引用要求与使用许可需另行查阅源站说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJEB106098

访问原始数据

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付，我们提供全链路闭环服务，让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持？联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB106098

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自六名肝细胞癌（HCC）患者外周血单核细胞（PBMC）的治疗前后经处理的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据。样本使用10x Genomics Chromium平台进行检测。该数据集包括12个样本（6个治疗前，6个治疗后）的基因表达矩阵及相关元数据。这些数据支持对肿瘤切除后外周免疫细胞动态变化的分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别