非酒精性脂肪性肝病甲基化图谱

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-49542

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景与目的：肝硬化和肝癌是晚期非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）的潜在结局。目前尚不清楚哪些因素决定患者将发展为晚期还是轻度NAFLD，这限制了在临床症状出现之前的无创诊断和治疗。我们研究了DNA甲基化谱能否区分轻度疾病患者与晚期NAFLD患者，以及这些模式在功能上与肝脏基因表达的关系。方法：我们收集了经活检证实为NAFLD患者的冷冻肝活检样本和临床数据（发现队列56例，验证队列34例）。样本根据纤维化的组织学严重程度分为两组：F0-1（轻度）和F3-4（晚期）。我们测定了DNA甲基化谱，并将其与同一活检样本的基因表达数据相结合；在发现队列和验证队列的子集中对差异甲基化进行了验证。随后我们分析了甲基化组与转录组之间的相互作用。结果：根据活检分析已知患有轻度或晚期纤维化的患者之间，临床特征并无差异。

在晚期与轻度NAFLD患者中，存在69,247个差异甲基化CpG位点（76%为低甲基化，24%为高甲基化）（P<.05）。FGFR2、MAT1A和CASP1的甲基化通过亚硫酸氢盐焦磷酸测序进行了验证，且这些发现在复制队列中得到了重现。7%的差异甲基化CpG位点的甲基化与基因转录水平相关，表明差异甲基化导致了表达差异。在晚期NAFLD样本中，许多组织修复基因呈低甲基化并过表达，而某些代谢途径（包括一碳代谢）中的基因则呈高甲基化并低表达。结论：功能相关的甲基化差异可区分晚期与轻度NAFLD患者。调控pr的基因甲基化改变

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。