人肝细胞癌 MALDI-FTICR 质谱成像数据
原始 MALDI-MSI 数据由配对的 .imzML 和 .ibd 文件组成，并附有人肝细胞癌（HCC）组织样本对应的全切片 H&E 染色组织学图像
基本信息
资源简介
人肝细胞癌 MALDI-FTICR 质谱成像数据
该数据集为一份公开的人肝细胞癌（HCC）组织样本基质辅助激光解吸电离-傅里叶变换离子回旋共振质谱成像（MALDI-FTICR MSI）原始数据集合，由配对的 .imzML 与 .ibd 文件构成，并附有与各组织样本相对应的全切片 H&E 染色组织学图像。数据以原始质谱成像文件与病理形态学图像并行的方式组织，便于将分子层面的空间分布信息与组织形态学结构相互对照。数据集面向肿瘤特别是肝癌方向的研究，发布于 Zenodo，采用知识共享署名 4.0 国际许可协议，允许在署名条件下使用与再分发。整体而言，该资源为肝细胞癌组织空间分子特征研究提供了原始观测材料与配套的组织学参照。
【数据集背景】
肝细胞癌是常见的肝脏恶性肿瘤，其组织内部在分子层面往往存在空间异质性。质谱成像技术能够在保持组织切片空间位置的前提下，对切片表面的分子进行原位检测，从而获得分子在组织上的二维分布信息。MALDI-FTICR 质谱成像结合了基质辅助激光解吸电离与傅里叶变换离子回旋共振质谱，具备较高的质量分辨能力，适用于复杂生物组织中分子的空间成像分析。该数据集正是在这一技术路线下，针对人肝细胞癌组织样本采集的原始成像数据，并配套提供全切片 H&E 染色组织学图像，以支持将分子成像结果与常规病理形态学观察相结合的研究工作。
【数据内容】
数据主体为 MALDI-MSI 原始数据，由成对的 .imzML 与 .ibd 文件组成。其中 .imzML 文件用于描述质谱成像的采集元数据与光谱索引信息，.ibd 文件则承载对应的二进制光谱数据，二者需配合使用。除质谱成像数据外，数据集还包含人肝细胞癌组织样本对应的全切片 H&E 染色组织学图像，用于提供组织形态学背景。数据覆盖的对象为人肝细胞癌组织样本，具体样本数量、切片数量、光谱像素规模、质量范围与文件体积等信息源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 doi.org，发布机构为 Zenodo，发布时间为 2026 年。数据由 Sun, Na、Kimm, Melanie A.、Wang, Qian、Burkard, Tanja、Salvermoser, Lukas、Khaled, Najib Ben、Schmidt, Vanessa F.、Woellert, Sabine、Zhang, Chaoyang、Seidensticker, Max、Mayerle, Julia、Ricke, Jens、Lange, Christ 等作者共同贡献。数据采集所用的仪器型号、基质种类、激光参数、空间分辨率、采集模式以及样本的临床来源与伦理审批信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肝细胞癌组织空间分子特征的相关研究，例如将质谱成像获得的分子空间分布与全切片 H&E 染色图像所呈现的组织形态学结构进行对照分析。由于提供的是原始 .imzML/.ibd 数据，也可用于质谱成像数据处理流程的验证、成像数据可视化方法的测试，以及面向组织切片的分子与形态联合分析研究。数据亦可作为方法学研究中肝细胞癌组织成像数据的参考材料。具体应用结论与生物学发现需由使用者基于数据自行分析得出，源站未提供相关分析结果。
【使用方法】
使用该数据时，需将同一采集对应的 .imzML 与 .ibd 文件置于同一目录并保持文件名一致，以便质谱成像软件正确读取元数据与二进制光谱数据。分析者通常借助支持 imzML 格式的质谱成像软件或程序库完成数据导入、光谱预处理与离子图像重建，并将重建的分子分布图与配套的全切片 H&E 染色图像进行空间配准与对照观察。具体的软件名称、处理参数与配准流程源站未提供，使用者应根据自身分析目的选择合适工具。
【质量与限制】
数据以原始文件形式提供，未提供经过预处理或定量归一化的衍生数据，源站亦未提供数据质量评估指标、信噪比水平、缺失值情况或批次效应说明。由于缺少样本数量、采集参数与临床注释等信息，数据在不同样本间的可比性与适用范围需使用者自行判断。此外，数据集仅包含质谱成像原始文件与 H&E 染色图像，未提供配套的分子注释表或病理诊断标注，相关限制信息源站未提供。
【引用与许可】
该数据集采用 Creative Commons Attribution 4.0 International 许可协议，使用与再分发时应按照该协议要求进行署名。引用时应参考数据集英文名称 MALDI-FTICR Mass Spectrometry Imaging Data of Human Hepatocellular Carcinoma 及作者列表，并注明数据发布平台 Zenodo 与发布时间 2026 年。具体引用格式与 DOI 标识源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23412223
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
原始MALDI-MSI数据由配对的.imzML和.ibd文件组成，以及相应的人肝细胞癌（HCC）组织样本的全切片H&E染色组织学图像。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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