LARP1 驱动 MASH 小鼠模型从脂肪变性向肝细胞癌进展

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A3f331d89061559815ad2525342161d09e0fff2c080494819df783b2bc91c6896

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：本研究聚焦于RNA结合蛋白La相关蛋白1（LARP1）在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）进展中的作用。S-腺苷甲硫氨酸（SAMe）合成酶——甲硫氨酸腺苷转移酶1A的基因敲除小鼠模型（Mat1a-KO）会自发发展为MASH并进展为HCC。我们发现，在MASH阶段，Mat1a KO小鼠中LARP1被强烈诱导表达（Ramani 2022, PMC8766892）。对过表达LARP1的肝癌细胞以及Larp1沉默的Mat1a KO小鼠进行RNA测序，结果显示LARP1调控着控制关键代谢通路的mRNA，包括过氧化物酶体β-氧化（Sirtuin 5, SIRT5）、有氧糖酵解（c-MYC）以及氧化磷酸化/线粒体核糖体蛋白（MRPL13, MRPL50, MRPL59）。该数据集是上述研究中的bulk RNA测序数据。

我们的RNA测序发现揭示了LARP1在调节与MASLD进展相关的代谢途径中的新作用……，实验1：将过表达空载体（EV）或LARP1载体的人Huh7肝癌细胞的总RNA进行多聚核糖体图谱分析，以分离活跃翻译的核糖体组分和非翻译组分（NTR）。将来自EV或LARP1过表达组的NTR和多聚核糖体组分提交至RNA测序（BGI Americas Inc.），并使用人类参考基因组（GCF_000001405.38_GRCh38.p12）对其进行泊松分布和DEGseq2分析。实验2：从WT（CAS）、Mat1a KO以及注射了Larp1 CRISPR沉默载体（Larp1 si）的Mat1a KO小鼠的肝脏中分离总RNA。如实验1所述进行批量RNA测序，并使用小鼠参考基因组（Mus_musculus_NCBI_GCF_000001635.27_GRCm39）进行泊松分布和DEGseq2分析。，# LARP1驱动MASH小鼠模型中脂肪变性向肝细胞癌进展 数据集DOI： [10.5061/dryad.18931zdb1](https://doi.org/10.5061/dryad.18931zd

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。