GSE348104：儿童与成人肝类器官间SARS-CoV-2进入因子表达及固有免疫应答的年龄依赖性差异
研究以儿童和成人正常肝类器官，比较SARS-CoV-2野生型与Omicron BA.1/BA.2感染及免疫反应，旨在探讨其在儿童急性肝炎中的可能作用
基本信息
资源简介
GSE348104：儿童与成人肝类器官间SARS-CoV-2进入因子表达及固有免疫应答的年龄依赖性差异
Age-dependent differences in SARS-CoV-2 entry-factor expression and innate immune responses between pediatric and adult liver organoids
研究以儿童和成人正常肝类器官，比较SARS-CoV-2野生型与Omicron BA.1/BA.2感染及免疫反应，旨在探讨其在儿童急性肝炎中的可能作用。儿童肝细胞ASGR1、KREMEN1、CTSB、CTSL、VIM基础表达更高；两者均易感，Omicron胞内病毒RNA高于野生型，儿童负担更高。Omicron在儿童中诱导更强先天免疫和炎症反应，涉及干扰素、RIG-I样和Toll样受体通路，并相对下调适应性免疫通路；成人中Omicron与野生型转录差异较小（来源 NCBI）。
【数据集背景】
源站首次发布：Sep 21 202。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：背景 自2022年初以来，全球报告了儿童严重急性不明原因肝炎（AHUO）病例激增，但尚无明确病因。流行病学证据提示其可能与SARS-CoV-2感染有关，尤其是在Omicron占主导的时期，然而儿童对SARS-CoV-2相关肝损伤似乎更易感的潜在机制仍知之甚少。本研究使用来源于儿童和成人供者的正常肝类器官，比较SARS-CoV-2野生型（WT）和Omicron（BA.1/BA.2）变异株的感染性及宿主免疫应答，旨在探讨SARS-CoV-2在儿童急性肝炎中的可能作用。方法 肝类器官由3例肝细胞癌成人患者和3例肝母细胞瘤儿童患者的癌旁正常组织建立，组织采集于2022年2月至12月期间。类器官以感染复数（MOI）0.1感染SARS-CoV-2 WT、Omicron BA.1或BA.2。在感染后24和48小时（hpi），通过RT-qPCR定量上清液中的病毒载量和细胞内病毒RNA。在48 hpi时，进行RNA测序以分析转录组变化和通路富集。此外，使用单细胞RNA测序数据比较儿童与成人肝细胞之间SARS-CoV-2进入相关基因的基线表达。结果 儿童肝细胞中进入相关基因的基础表达显著高于成人细胞，包括ASGR1、KREMEN1、CTSB、CTSL和VIM。儿童和成人肝类器官均对WT和Omicron易感，但Omicron BA.1/BA.2产生的细胞内病毒RNA水平高于WT，且儿童类器官中细胞内病毒RNA负荷显著更高。RNA测序显示，Omicron感染在儿童类器官中诱导了更强的固有免疫和炎症反应——包括干扰素信号、RIG-I样受体和Toll样受体通路——同时适应性免疫通路转录本相对下调。在成人类器官中，Omicron与WT之间的转录组差异较不明显。与成人相比，感染Omicron的儿童类器官上调干扰素γ信号和固有免疫系统组分，同时下调适应性免疫通路转录本；关键受体
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 0 B。
【主题与分类】
主题标签：GPL37360、9606。本站分类：肿瘤/肝癌。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE348104
【使用注意】
· 源站最后修改于 Sep 26 202，引用时请注意版本时效。
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- OpenDataLab:
数据说明
背景
自2022年初以来，全球报告了儿童严重急性不明原因肝炎（AHUO）病例激增，但尚无明确病因。流行病学证据提示其可能与SARS-CoV-2感染有关，尤其是在Omicron占主导的时期，但儿童对SARS-CoV-2相关肝损伤似乎更易感的潜在机制仍知之甚少。本研究使用来源于儿童和成人供者的正常肝类器官，比较SARS-CoV-2野生型（WT）与Omicron（BA.1/BA.2）变异株的感染性及宿主免疫应答，旨在探讨SARS-CoV-2在儿童急性肝炎中的可能作用。
方法
肝类器官由三例肝细胞癌成人患者和三例肝母细胞瘤儿童患者的癌旁正常组织建立，组织采集于2022年2月至12月间。以0.1的感染复数（MOI）用SARS-CoV-2 WT、Omicron BA.1或BA.2感染类器官。感染后24和48小时（hpi），采用RT-qPCR定量上清液中的病毒载量和细胞内病毒RNA。在48 hpi时，进行RNA测序以分析转录组变化和通路富集。此外，利用单细胞RNA测序数据比较儿童与成人肝细胞之间SARS-CoV-2进入相关基因的基线表达。
结果
儿童肝细胞中进入相关基因的基础表达显著高于成人细胞，包括ASGR1、KREMEN1、CTSB、CTSL和VIM。儿童和成人肝类器官均对WT和Omicron易感，但Omicron BA.1/BA.2产生的细胞内病毒RNA水平高于WT，且儿童类器官中的细胞内病毒RNA负荷显著更高。RNA测序显示，Omicron感染在儿童类器官中诱导了更强的固有免疫和炎症反应——涵盖干扰素信号传导、RIG-I样受体
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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