NF-κB异构体p65 iso5相关转录程序与信号通路数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE346671

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

NF-κB p65（RelA）是炎症、免疫和应激反应的关键调控因子。近期证据表明，p65的替代异构体可能使NF-κB信号传导多样化，但其功能在很大程度上仍未被探索。我们此前鉴定了一种新的剪接变体p65 iso5，它包含一个额外的上游外显子，并表现出独特的分子特性，包括以糖皮质激素受体依赖的方式与地塞米松相互作用的能力。在此，我们通过对表达p65 iso5或经典p65的HeLa细胞进行RNA-seq分析（无论是否经地塞米松处理），定义了由p65 iso5调控的转录程序。在基础条件下，p65 iso5的表达与I型干扰素和抗病毒通路相关基因表达降低相关，同时与翻译、核糖体生物发生和代谢活动相关基因表达升高相关。在地塞米松刺激下，p65 iso5的表达与广泛的转录组重塑相关，其特征是生物合成和增殖程序受到抑制，而代谢和应激适应通路被激活。

比较分析显示，糖皮质激素反应强烈依赖于异构体，其中p65 iso5的表达与独特的基因表达网络相关，这些网络由不同的蛋白质-蛋白质相互作用枢纽支撑。p65 iso5在肝硬化和肝细胞癌组织以及高级别结肠肿瘤中过表达，提示其具有临床相关性。我们的发现表明，p65 iso5是一种情境依赖性的NF-κB调节因子，具有独特的转录和代谢功能，并与炎症相关疾病和癌症具有潜在关联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。