SIRT2 分区胆固醇感知驱动 MASLD-HCC 的空间转录组数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE343862

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）是肝细胞癌（HCC）的主要病因之一。肝脏代谢分区如何决定区域性恶性转化仍不清楚。我们发现SIRT2是一种分区性胆固醇感受器，可启动门静脉周围代谢重编程，从而驱动MASLD-HCC。谱系示踪证实，1区肝细胞是唯一的肿瘤起源。空间靶向操作表明，1区SIRT2过表达足以触发HCC，而其缺失可恢复胆固醇稳态、重新激活胆汁酸代谢、招募具有杀肿瘤作用的CD8+ T细胞，并完全阻止癌变。机制上，胆固醇结合直接激活SIRT2，后者使SCP2在K546位点去乙酰化，损害其核转位及在Cyp7b1启动子处对PPARα的共激活，从而抑制替代性胆汁酸合成，并允许致癌性27-OHC蓄积。药理学抑制SIRT2可在小鼠和人类肝脏类器官中逆转这一致病级联反应。在MASLD-HCC进展过程中，SIRT2和CYP7B1的进行性分区失调已在患者标本中得到证实。

我们的发现确立了空间区室化的胆固醇感应作为代谢调控的新层面，并将SIRT2确定为代谢性肝癌的可成药代谢靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。