GSE330471：单细胞转录组揭示KLF2限制肝细胞癌肿瘤细胞可塑性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE330471

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌（HCC）是一种高度异质性的原发性肝脏恶性肿瘤，其恶性进展与肿瘤细胞可塑性密切相关。在上皮来源的肝癌中，上皮-间充质可塑性（EMP），包括上皮-间充质转化（EMT）和部分上皮-间充质转化（pEMT）程序，被认为是肿瘤进展、治疗耐药、复发和转移的关键驱动因素。KLF2被认为在肝癌中发挥抑癌作用，但其在调控HCC肿瘤细胞可塑性中的作用仍不完全清楚。为解决这一问题，我们建立了由c-MYC/AKT驱动的小鼠HCC模型，分别在有或无KLF2过表达的情况下，并对肿瘤组织进行了单细胞RNA测序。小鼠HCC通过流体动力学尾静脉注射pT3-EF1α-c-MYC和pT3-EF1α-AKT质粒以及SB100X转座酶质粒诱导，注射后10周形成肝脏肿瘤。在KLF2过表达组中，额外共注射了pT3-EF1α-KLF2。单细胞RNA测序使用BGI C4平台进行。

该数据集为在单细胞分辨率下表征肝细胞癌（HCC）中的肿瘤细胞可塑性程序及KLF2相关转录变化提供了资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。