GSE314155：BRD9识别乳酸诱导的H3K18乳酰化驱动肝细胞癌致癌染色质重塑

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE314155

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数据说明

组蛋白乳酸化将糖酵解代谢与致癌转录联系起来，但其机制性阅读器仍定义不清。在此，我们鉴定含溴结构域蛋白9（BRD9）作为一种乳酰赖氨酸阅读器，将乳酸驱动的H3K18乳酸化（H3K18la）与肝细胞癌（HCC）中的染色质重塑联系起来。在临床上，H3K18la水平升高与HCC预后不良相关。结构（NMR）和生物物理学分析表明，BRD9的溴结构域通过其乙酰赖氨酸口袋以弱而短暂的亲和力结合H3K18la，这与稳定的H3K18ac结合不同，从而实现了乳酸依赖性的染色质相互作用。多组学分析揭示，H3K18la将BRD9和非经典BRG1相关因子（ncBAF）复合物招募至活跃增强子和启动子，促进染色质可及性和致癌转录（SPARC、TMEM64、ANGEL1、SCARB1）。糖酵解抑制或BRD9靶向使BRD9从染色质上置换下来，抑制致癌基因，并损害HCC增殖。p300或HDAC抑制减弱H3K18la驱动的致癌转录和肿瘤活力。

我们的研究结果确立了BRD9作为一种代谢-表观遗传介导因子，将糖酵解通量转化为染色质重塑，为肝细胞癌提供了可操作的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。