谷氨酰胺剥夺触发TRIB3依赖性G4-DNA解旋以维持DNA修复和肿瘤存活 [CUT&Tag]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE306768

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   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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数据说明

谷氨酰胺作为循环中最丰富的氨基酸，是许多肿瘤细胞生存和生长的关键中心代谢物。然而，由于肿瘤细胞对肿瘤微环境中营养匮乏具有内在适应性，利用这一脆弱性的努力收效有限。这种耐受性使得靶向谷氨酰胺的治疗在临床试验中效果不佳，亟需新的机制性见解。在此，我们鉴定出假激酶TRIB3是肝细胞癌（HCC）细胞适应谷氨酰胺可用性受限的关键代谢适应介导因子。在谷氨酰胺剥夺条件下，TRIB3以c-Jun依赖的方式上调，在细胞核中发挥作用以维护DNA修复的保真性，从而使DNA损伤得以适时解决并防止复制灾难。TRIB3与全基因组范围内的G-四链体DNA（G4-DNA）结构结合，招募解旋酶DDX5形成协同功能复合物以解离这些结构。在HCC细胞中敲低TRIB3或DDX5会导致G4-DNA过度积累以及与DNA损伤应答（DDR）通路下调相关的DNA损伤加剧。

我们以同源重组（HR）通路基因来说明这一效应，发现TRIB3-DDX5可防止BRCA1和RAD51AP1启动子区域G4-DNA的积累，否则这些积累会抑制转录。在体内，沉默TRIB3可抑制HCC异种移植瘤的生长，并在小鼠维持谷氨酰胺缺乏饮食时明显增加DNA损伤和细胞凋亡。在临床上，TRIB3在HCC中过表达，其水平升高与患者预后较差相关。总之，这些发现表明TRIB3-DDX5-G4轴是HCC以及可能其他TRIB3表达升高的恶性肿瘤中可治疗性利用的代谢依赖性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。