Huh7和HLF肝癌细胞在2D与3D培养条件下的转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE298810

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨了在不同微环境条件下培养的人肝细胞癌（HCC）细胞系（Huh7和HLF）的转录组变化，包括2D单层培养、3D Inject-Embed培养和3D Mix-Embed培养。使用Illumina NovaSeq 6000平台对总RNA进行RNA-seq，采用双端150 bp读长。原始测序读长使用STAR比对到人类参考基因组（GRCh38/hg38），并使用featureCounts进行基因水平定量。该数据集包含每个样本的原始FASTQ文件以及处理后的计数矩阵和FPKM矩阵。该资源为3D培养对肝癌基因表达的影响提供了见解。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。