表观基因组衰老可塑性塑造早期环境暴露易感性及成年细胞与方向特异性轨迹

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289162

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数据说明

为了理解生命早期暴露如何影响整个生命过程中的健康和疾病轨迹，TaRGET II联盟将小鼠从孕前到断奶期间暴露于多种环境毒物，随后进行纵向表观基因组和转录组分析直至成年。这些研究揭示，生命早期暴露导致了持续的表观基因组重编程以及转录组的相关性紊乱。值得注意的是，对于异雌激素BPA、致肥胖物TBT、二噁英TCDD和空气污染物PM2.5，其暴露特征中40–60%的受干扰基因与肝脏衰老过程中差异表达的基因重叠。增强子处的表观遗传组蛋白修饰——以及在较小程度上启动子处的修饰——成为这种重编程的关键靶点。尽管作用机制不同，这4种毒物在肝脏中诱导了一种极化特征，表现为对衰老转录组的细胞特异性和方向特异性干扰。在肝细胞中，通常随年龄增长而增加的基因，尤其是代谢通路中的基因，被下调。

相反，在非实质细胞中，通常随年龄增长而下调的基因，包括参与细胞外基质生成的基因，却出现了上调。这种极化的衰老特征与肝病及肝细胞癌（HCC）患者的肝脏转录组高度相关，能有效区分健康与患病的人类肝脏。这些发现表明，表观基因组衰老的可塑性易受生命早期环境暴露的影响，这种暴露能够重编程表观基因组，并对后期的转录组及疾病风险产生持久影响。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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