HepG2细胞中组蛋白山梨酰化表观遗传效应的全基因组分析 [CUT&Tag]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE286103

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们研究了山梨酸钾处理对HepG2肝细胞癌细胞中组蛋白山梨酰化修饰的表观遗传学影响。RNA-seq分析显示，山梨酸处理引起了基因表达的多样化变化，其中胆固醇生物合成基因显著上调。CUT&Tag分析表明，山梨酰化的H2BK11在转录起始位点1 kb范围内的启动子区域积累，尤其是在上调基因周围。这些结果表明，山梨酸诱导的H2BK11山梨酰化可能作为一种活跃的表观遗传标记发挥作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。