肝细胞癌肿瘤微环境中肿瘤相关组织驻留记忆T细胞的分子图谱 [HCC_scTCR]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE281111

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝癌免疫治疗通过调节免疫微环境来 rejuvenate 肿瘤浸润淋巴细胞。因此，具有组织特异性驻留的T细胞亚群的早期保护功能已在肿瘤微环境（TME）中得到研究。我们在肝细胞癌（HCC）中鉴定出肿瘤相关组织驻留记忆T（TA-TRM）细胞，并表征了其分子特征。我们从五名HCC患者获取了单细胞RNA和单细胞TCR测序数据。随后，我们研究并验证了TME内TRM细胞亚群的异质性特征。我们表征了两个表达独特标志基因的TRM集群（CD69+和CD103+），并在一个独立数据集中验证了它们相似的分子模式。基于TA-TRM细胞核心基因表达的风险评分在两个数据集中均与生存相关。轨迹分析显示，这两个谱系遵循不同的轨迹路径，在伪时间上具有不同的标记基因表达。CD103+ TA-TRM细胞显示出多样的克隆型，并与其他细胞群共享克隆型。

在复发样本中，观察到了较低的克隆多样性和不同的信号传导相互作用，相较于非复发样本。CD103+ TA-TRM细胞与调节性T细胞之间的CXCL13-CXCR3相互作用仅在复发样本中出现。我们在HCC中鉴定了两种TA-TRM细胞亚型，并展示了它们独特的分子特征、与生存的相关性以及根据复发情况而不同的信号网络。研究结果增进了对HCC中TA-TRM细胞分子特征的理解，并提供了潜在的免疫治疗策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。