GSK3β介导的SOX4磷酸化及其与STAT6相互作用调控肝细胞癌中MTHFD2表达、NADPH生成、癌症干性和预后[ChIP-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE277728

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数据说明

SOX4与包括肝细胞癌（HCC）在内的多种癌症的不良预后相关。SOX4通过响应刺激与转录因子相互作用，在血管生成、细胞分化和细胞生长中发挥关键作用。尽管SOX4存在过表达且与不良预后相关，但它仍是一个不可成药的靶点。因此，靶向其相互作用蛋白或调控蛋白可能揭示HCC的治疗策略。我们的目标是阐明SOX4在HCC细胞中的调控与相互作用，以进一步深入了解其在肿瘤发生中的作用。体外激酶实验显示，GSK3β在丝氨酸残基379、383、387、391和395位点磷酸化SOX4，从而稳定SOX4蛋白。通过免疫共沉淀、免疫荧光和邻近连接实验，证实了HCC细胞中SOX4、STAT6与GSK3β之间的相互作用。敲除SOX4或抑制STAT6可通过调节MTHFD2表达来抑制细胞生长、球体形成和NADPH产生，进而抑制HCC细胞中PD-L1的表达。与SOX4低表达的肿瘤相比，SOX4高表达的HCC肿瘤标本中NADPH显著升高。

通过蛋白质印迹分析，在肝癌标本中观察到GSK3β与SOX4、STAT6与SOX4以及SOX4与MTHFD2蛋白之间存在正相关。此外，利用TCGA-LIHC数据库分析发现，SOX4、MTHFD2转录本升高或SOX4与MTHFD2两者均升高的肿瘤病灶，往往提示HCC患者预后不良。使用靶向STAT6或MTHFD2的抑制剂处理，可在体外降低细胞增殖，并在体内HCC患者来源异种移植（PDX）小鼠模型中减弱肿瘤生长。GSK3β/SOX4/STAT6/MTHFD2调控轴在调节NADPH生成和维持癌症干性方面发挥关键作用，与HCC不良预后相关，可能是一个潜在的治疗靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。