GLE处理Hep3B肝癌细胞的RNA-Seq凋亡过程相关性分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE276192

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

滨藜（Glehnia littoralis）是一种多年生草本植物，分布于东亚各地的沿海沙丘。据报道，该草本植物具有保肝、免疫调节、抗氧化、抗菌、抗真菌、抗炎和抗癌活性。它可能对肝细胞癌（HCC）有效。然而，这是否已通过基因水平的RNA-seq分析得到证实仍在确定之中。因此，我们试图通过使用RNA-seq分析经GLE（滨藜提取物）处理的HCC中Hep3B细胞的转录组，来鉴定细胞死亡过程中的靶基因。使用Hep3B进行GLE处理，并进行了MTT试验。然后将Hep3B以设定的300 μg/mL浓度用GLE处理并保存24小时，随后进行RNA分离和测序。我们随后使用这些数据绘制图表。MTT分析的结果显示，当Hep3B细胞用GLE处理时观察到细胞死亡，IC50约为300 μg/mL。使用经300 μg/mL GLE处理的Hep3B的RNA-seq数据绘制图表的结果发现，存在凋亡过程的趋势。

流式细胞术和膜联蛋白V/碘化丙啶(PI)染色验证了GLE处理的HEP3B细胞发生凋亡。因此，参与凋亡过程的差异表达基因(DEGs)的增多或减少得到了证实。表达增加最显著的前五个基因是GADD45B、DDIT3、GADD45G、CHAC1和PPP1R15A。表达减少最显著的后五个基因是SGK1、CX3CL1、ZC3H12A、IER3和HNF1A。总之，我们研究了GLE的RNA-seq数据集，以识别可能参与HCC凋亡过程的潜在靶点。这些目标可能有助于HCC的识别和管理。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。