GSE276099：β-石竹烯通过靶向MAPK信号通路使肝癌细胞对化疗药物增敏并抑制细胞恶性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE276099

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数据说明

在肝细胞癌（HCC）的发展过程中，癌细胞通常由于关键调控基因的突变和异常表达而表现出细胞增殖增加。本研究旨在确定β-石竹烯（BCP）单独或与多柔比星（DOX）和顺铂（DDP）联合使用对HCC细胞的细胞毒性作用，并阐明BCP发挥抗癌活性的潜在机制。用BCP、DOX和DDP单独或联合处理HepG2、SMMC-7721 HCC细胞和HL-7702正常肝细胞。采用细胞增殖试验、流式细胞术和Western blot分析评估这些处理的细胞毒性作用。使用Transwell试验检测BCP对HCC细胞迁移和侵袭的影响。通过RNA-seq研究确定BCP处理的HepG2细胞的主要靶基因。将RNA-seq数据的差异表达基因（DEGs）与HCC患者的TCGA数据集进行整合分析，鉴定出BCP靶向基因，并通过RT-qPCR进行验证。进行异位基因表达、细胞活力和集落形成试验以验证BCP的主要靶点。

研究发现，BCP选择性抑制HCC细胞增殖，同时对正常肝细胞表现出相对较低的毒性；然而，DOX和DDP对正常细胞的毒性高于对HCC细胞的毒性。重要的是，在联合治疗中，BCP协同增强了DOX和DDP对HCC细胞的细胞毒性，但这种效应在HL-7702细胞中显著降低。与对照组相比，BCP处理的HCC细胞表现出迁移和侵袭能力下降。此外，对BCP处理的HepG2细胞进行RNA-seq分析，鉴定出433个变化倍数超过1.5倍的蛋白编码差异表达基因。整合分析揭示了五个受BCP靶向调控MAPK信号通路的差异表达基因。在这五个基因中，有三个基因的表达与HCC患者的总体生存率呈显著正相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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