单细胞分辨率下免疫检查点阻断耐药中T细胞耗竭的转录调控 [ex vivo-scRNA]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE268161

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤特异性CD8+ T淋巴细胞对抗癌免疫至关重要，但在免疫抑制性肿瘤微环境中可能丧失细胞毒性功能。免疫检查点阻断（ICB），如抗PD-1治疗，能够增强并延长抗肿瘤T细胞应答。尽管其临床应用广泛，但部分患者仍会出现ICB耐药，其特征是耗竭性T细胞（Tex）的增殖。在此，我们建立了两种单细胞小鼠肝细胞癌（HCC）模型，以探索ICB耐药中Tex的调控网络。我们揭示了长期ICB治疗后不同的T细胞组成，包括早期和终末期Tex亚群，并阐明了Tex亚群的分化轨迹。最后，我们不仅确定了转录因子Runx2及其下游靶点是两种模型中T细胞耗竭的促成因素，还发现ICB应答与人类肿瘤浸润淋巴细胞中Runx2水平相关。这些发现阐明了Runx2在长期ICB治疗应答中调控T细胞耗竭，影响ICB疗效，并提示了HCC中与ICB联合治疗的潜在靶点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。