癌症相关成纤维细胞揭示不同癌症类型中异常DNA甲基化[Array]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255123

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤微环境的关键组成部分。多项研究表明，CAFs与正常组织相关成纤维细胞（NAFs）之间存在分子差异。本研究从肝脏肿瘤中分离出CAFs和NAFs，并分析其DNA甲基化谱。部分CAFs表现出异常的DNA甲基化，这一现象在基因表达水平上也有所体现。肝脏CAF特异性CG二核苷酸（CpGs）的DNA甲基化与肝癌数据中的生存率相关。通过与不同癌症类型（包括肺癌、前列腺癌、食管癌和胃癌）中CAF与NAF的公共数据集进行整合分析，揭示了重叠的表观遗传异常。DNA甲基化共同异常的CpGs包括cg09809672（EDARADD）、cg07134930（HDAC4）和cg05935904（基因间区）。这些位点的异常DNA甲基化与多种癌症类型的预后相关。因此，肿瘤环境对CAFs的激活伴随着特征性的表观遗传修饰，这些修饰可作为疾病分层的生物标志物。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。