GSE24632：ZNF274 与组蛋白甲基转移酶 SETDB1 在 ZNF 3' 端共定位

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE24632

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在特定细胞类型中，仅有一小部分人类转录因子（例如与特定分化程序相关的那些）得到表达。因此，细胞命运主要由驱动不同细胞谱系的转录因子在细胞类型特异性沉默中决定。几种组蛋白修饰与基因沉默有关，包括H3K27me3和H3K9me3。我们之前已表明，哺乳动物转录因子中最大的两类通过不同的组蛋白修饰标记；同源盒基因由H3K27me3标记，而锌指基因由H3K9me3标记。几种组蛋白甲基转移酶（例如G9a和SETDB1）可能参与介导H3K9me3沉默标记。我们利用ChIP-chip（GSE24480）和ChIP-seq证明，SETDB1而非G9a与富含H3K9me3的基因组区域相关联。当前的模型是，SETDB1通过与辅阻遏物TRIM28（KAP1）相互作用被招募到特定基因组位置，而TRIM28又通过与含有Kruppel相关盒（KRAB）结构域的锌指转录因子相互作用被招募到基因组。

然而，那些将TRIM28（KAP1）和SETDB1招募到基因组中的特定KRAB-ZNFs尚未被鉴定。我们现在展示ZNF274（一种含有5个C2H2锌指结构域的KRAB-ZNF）能在体外与KAP1相互作用，并通过ChIP-seq技术显示，ZNF274的结合位点与SETDB1、KAP1及H3K9me3在锌指基因的3’端共定位。使用siRNAs敲低ZNF274会减少KAP1和SETDB1招募到这些结合位点的水平。这些研究首次鉴定了一种含KRAB结构域的ZNFs，它参与了将KAP1和SETDB1招募到人类基因组的过程。关于数据使用的条款和条件，请参考http://www.genome.gov/27528022 和 http://www.genome.gov/Pages/Research/ENCODE/ENCODEDataReleasePolicyFinal2008.pdf。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。