GSE229807：用Knic解码完整核小体的蛋白质组成

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE229807

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

组蛋白翻译后修饰（PTMs）通过转录调控控制基因表达谱。异常的组蛋白PTMs染色质结构导致基因表达失调和癌症进展。烟酸（维生素B3或维生素PP），作为十三种必需维生素之一，具有广泛的用途，有助于消化系统、皮肤和神经系统的功能。在此，我们发现烟酸（NA）诱导组蛋白和非组蛋白赖氨酸烟酰化，并在HeLa细胞的核心组蛋白上鉴定了17个烟酰化位点。此外，NA衍生的组蛋白赖氨酸残基烟酰化是一种表观遗传修饰，通过生成烟酰辅酶A改变染色质可及性来调控基因转录。Knic通过抑制其与转录因子HOXB9的结合来失活致癌基因PPFIA1的转录，而PPFIA1被发现在促进细胞在细胞外基质上扩散中起重要作用，并且是人类乳腺肿瘤细胞迁移和侵袭所必需的1,2。然而，PPFIA1在控制肝细胞癌（HCC）发生和发展中的作用及分子机制尚不清楚。

在此，我们证明PPFIA1在体内和体外均能促进肝细胞癌的增殖、迁移、侵袭和肿瘤发生。值得注意的是，PPFIA1在包括肝细胞癌在内的多种人类癌中表达上调。我们的研究还表明，PPFIA1是NA在未来肝细胞癌治疗策略中一个有前景的潜在靶点。在此，我们展示NA的给药通过诱导组蛋白Knic抑制肿瘤基因PPFIA1的转录，从而抑制肝癌转移。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。