GSE203437：转录组谱分析揭示5-氨基乙酰丙酸毒性的推定分子机制

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE203437

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数据说明

急性肝卟啉症（AHPs）是一类遗传性代谢疾病，其特征为血红素生物合成途径酶活性降低或合成减少，导致腹痛、高血压、神经精神改变等急性发作，以及肝细胞癌（HCC）发病率的长期升高。5-氨基乙酰丙酸（ALA）似乎是AHPs的主要致病因子。既往研究仅报道了对特定大分子的生物学效应，因此我们利用DNA微阵列技术，研究了HepG2细胞暴露于2.5 mM或25 mM ALA 2小时和24小时后整体转录变化及受扰动的分子通路。差异表达基因（DEGs）的鉴定与分析显示，每种ALA处理均产生不同的转录组谱。通过KEGG、Reactome、Metacore和基因本体论对DEGs进行分子通路和生物学过程富集分析，结果显示ALA“2.5 mM-2h”诱导了线粒体呼吸链、离子稳态、细胞增殖/凋亡以及UPR/ER应激的扰动，这些扰动通过枢纽节点AP1、C/EBP、ATF-6相互连接。

ALA“25 mM-24h”处理引发了氧化应激、细胞死亡/存活、免疫反应、药物解毒和癌变等方面的变化，其主要网络枢纽为AP-1、C/EBP、EGR1、STAT5、Cyclin D1、JAK2、ERK1/2和RAC1，推定效应基因包括SQSTM1、HMOX1、SPP1和LONP-1。本研究有助于揭示ALA的分子机制，这些机制可能与AHPs临床表现的发病机制相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。