鞣花酸靶向肝癌细胞信号通路的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE171311

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鞣花酸（EA）对包括肝细胞癌（HCC）在内的多种癌症具有显著的抑制活性。近期研究表明，EA能抑制HCC细胞增殖和肿瘤形成，我们进一步证明EA可降低细胞活力，并诱导DNA损伤和G1期细胞周期阻滞。通过RNA-Seq，我们在EA处理的HepG2细胞中鉴定出5765个差异表达基因（DEGs），其编码蛋白的变化倍数超过2.0倍。经过基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，EA处理引起的DEGs在调控DNA复制和细胞周期进程的通路中显著富集。与此一致，将该RNA-seq数据集与源自HCC患者的TCGA-LIHC数据集进行整合分析，证实这两个通路是EA的主要靶点。此外，通过调控这些通路的DEGs相互作用网络分析，我们确定p21是EA的一个主要靶基因。与我们生物信息学分析结果一致，p21敲低使四种不同的肝癌细胞系对EA处理脱敏。

总体而言，我们的研究表明，EA主要通过作用于G1/S期检查点和DNA合成来抑制HCC细胞增殖。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。