GSE163728：三种TTP家族蛋白肝脏特异性缺失导致肝细胞癌发生
该数据集来自NCBI GEO，聚焦三种TTP家族蛋白肝脏特异性敲除后肝细胞癌发生过程中的差异基因表达变化。数据通过高通量测序进行表达谱分析，包含一个文件GSE163728_series_matrix.txt.gz，涉及小鼠平台GPL24247
基本信息
资源简介
GSE163728：三种TTP家族蛋白肝脏特异性缺失导致肝细胞癌发生
GSE163728 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达谱数据集，主题为三种 TTP 家族蛋白在肝脏中特异性缺失后导致肝细胞癌发生。该数据集旨在比较野生型与三种 TTP 家族蛋白肝脏特异性敲除小鼠在肝细胞癌形成后的差异基因表达变化，采用高通量测序进行表达谱分析，涉及小鼠平台 GPL24247，共包含 1 个数据文件 GSE163728_series_matrix.txt.gz。数据集由 Sonika Patial 提交，发布时间为 2020 年 12 月 22 日，本站将其归类于肿瘤 / 肝癌方向，适合关注肝癌发生机制与转录组差异分析的研究者参考使用。
【数据集背景】
该数据集围绕肝细胞癌的发生机制展开。研究关注的核心是三种 TTP 家族蛋白在肝脏中同时缺失后所引发的生物学后果。项目的目标明确为识别野生型小鼠与三种 TTP 家族蛋白肝脏特异性敲除小鼠在肝细胞癌发展之后的差异基因表达变化。这一设计意味着数据集所承载的表达谱信息可用于观察敲除背景与肿瘤发生之间的转录组层面差异，为理解 TTP 家族蛋白在肝脏肿瘤形成过程中的作用提供数据基础。源站标题与数据集英文名一致，均指向“三种 TTP 家族蛋白的肝脏特异性缺失导致肝细胞癌发生”这一研究主题。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE163728_series_matrix.txt.gz，属于 GZIP 压缩格式的表达谱矩阵文件。主题标签显示该数据属于“Expression profiling by high throughput sequencing”，即基于高通量测序的表达谱分析；同时标注了平台 GPL24247 与物种编号 10090（小鼠）。因此，数据内容以小鼠肝脏样本在野生型与三种 TTP 家族蛋白肝脏特异性敲除条件下的基因表达谱为核心，服务于肝细胞癌发生后的差异表达比较。除上述文件与平台信息外，源站未提供更细的样本数量、分组规模或具体基因层面的结果描述。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI GEO（ncbi.nlm.nih.gov），由 Sonika Patial 提交，发布时间为 2020 年 12 月 22 日。源站描述说明该项目旨在识别野生型与三种 TTP 家族蛋白肝脏特异性敲除小鼠在肝细胞癌发展后的差异基因表达变化。数据通过高通量测序进行表达谱分析，涉及小鼠平台 GPL24247。本站分类为肿瘤 / 肝癌。除这些来源与提交信息外，源站未提供样本采集地点、伦理审批或实验流程的进一步细节。
【适用场景】
该数据集适用于肝癌发生机制相关的转录组差异分析场景，例如比较野生型与三种 TTP 家族蛋白肝脏特异性敲除小鼠在肝细胞癌形成后的基因表达差异，识别与敲除背景相关的表达变化模式。由于数据基于高通量测序的表达谱，也可用于小鼠肝脏肿瘤模型的表达谱探索性分析。适用对象包括从事肿瘤生物学、肝脏疾病与基因表达调控研究的人员。需要说明的是，具体分析目标应结合源站描述所界定的“肝细胞癌发展后的差异基因表达变化”来设定，源站未提供其他特定应用场景的说明。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE163728_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以避免因文件结构或编码问题导致分析偏差。由于数据集仅包含 1 个矩阵文件，使用时应以该文件为主要数据入口，并结合平台 GPL24247 与小鼠物种背景理解表达谱的组织方式。源站未提供额外的预处理步骤、标准化方法或分析脚本说明。
【质量与限制】
该数据集文件数量为 1，数据规模与样本构成的具体信息源站未提供。平台信息为 GPL24247，物种为小鼠（10090），主题为高通量测序表达谱。由于源站描述聚焦于差异基因表达变化的识别目标，未提供数据质量评估、重复数、批次信息或验证实验结果，使用者在解释差异表达结果时需注意这些限制。此外，发布时间为 2020 年 12 月 22 日，源站未提供后续更新说明。
【引用与许可】
数据集作者为 Sonika Patial，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名为 GSE163728: Liver-specific loss of the three TTP family proteins results in the development of hepatocellular carcinoma。引用时应依据源站提供的作者与数据集标识进行标注。许可信息源站未提供，使用前应向源站确认相关使用条款与授权要求。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163728
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目的目标在于识别肝细胞癌发生后，野生型与三种TTP家族蛋白肝脏特异性敲除小鼠之间的差异基因表达变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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