LncRNA SNHG17 促进肝细胞癌增殖、迁移及不良预后

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE152256

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数据说明

近年来，长链非编码RNA（lncRNAs）在调控肿瘤发生中的关键作用已被大量报道。然而，SNHG17在肝细胞癌（HCC）中的表达模式及生物学功能仍不明确。本研究通过生物信息学分析和qRT-PCR检测SNHG17在HCC组织、癌旁非肿瘤组织及细胞系中的表达模式。通过在HCC细胞系中敲低和过表达SNHG17，研究其对HCC增殖、迁移和凋亡的影响。利用RNA测序探索其潜在机制。借助公开可用的TCGA-LIHC、GSE102079 HCC数据集及qRT-PCR，我们发现SNHG17在HCC组织和细胞系中显著上调，并与较大的肿瘤体积、低分化、血管侵犯的存在及晚期TNM分期显著相关。此外，功能获得和缺失研究证明，SNHG17促进HCC细胞增殖、迁移并抑制凋亡。

通过采用RNA测序技术，我们发现敲低SNHG17会导致1037个差异表达基因，这些基因在代谢、PI3K-Akt信号通路、细胞粘附、细胞增殖调控及凋亡途径等多个通路中高度富集，其中92个基因与TCGA-LIHC数据集中SNHG17相关基因重叠。此外，ERH、TBCA、TDO2和PDK4在HCC组织中得到了成功验证，并发现它们显著失调。而且，SNHG17表达较高的HCC患者总体生存率和无病生存率相对较差，ERH、PDK4在HCC预后中也发挥着显著作用。总体而言，我们的研究结果说明SNHG17在HCC进展中作为一种非编码致癌基因起作用，提示其作为HCC治疗新靶点的潜在价值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。