小鼠肝脏发育时间分辨多组学图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE132034

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝脏器官发生与发育由一系列复杂且协调有序的事件组成。识别调控肝脏发育的关键因子和通路将有助于理解这一过程，也可能为包括癌症在内的其他生理和病理过程提供见解。为此，我们对小鼠肝脏组织进行了多维组学检测，包括蛋白质、mRNA以及转录因子（TF）DNA结合活性的分析，样本采集自胚胎第E12.5天至出生后第W8周，涵盖了主要发育阶段，从而提供了小鼠肝脏发育的分子与整合全景视图。这些数据集揭示了核心肝功能以及调控发育的经典信号通路在mRNA和蛋白质水平上的动态变化，并鉴定出在肽段水平得到证实的新型RNA剪接变体。TF DNA结合活性数据集首次从四波TF激活以及可能驱动调控肝脏发育转录程序的主要TF的角度，揭示了肝脏发育的概貌。

一项比较小鼠肝脏发育与人类肝细胞癌（HCC）蛋白质组图谱的研究揭示，侵袭性较强的肿瘤以早期胚胎发育途径的激活为特征，而侵袭性较弱的肿瘤则维持着成熟肝脏中升高的肝功能相关途径。这项工作为肝脏发育研究领域提供了丰富的资源，供未来深入的功能特性研究之用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。