病态肥胖患者肝脏基因表达数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-59045

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）已成为最常见的肝病病因，在发达国家影响20-30%的人口。NAFLD与腹型肥胖密切相关，被认为是代谢综合征的肝脏表现。在一部分NAFLD患者中会出现炎症和纤维化，这种所谓的非酒精性脂肪性肝炎（NASH）可能进展为肝硬化和肝细胞癌。目前已提出多重打击假说，其中在第一次“打击”期间，由于脂肪组织过量释放脂肪酸，肝细胞中发生脂肪蓄积，此外还存在脂质合成与输出失衡。然而，为何部分患者脂肪蓄积后随之出现炎症和纤维化，目前仍知之甚少。我们利用微阵列技术在可获得肝脏组织学的减重手术患者中研究了转录水平上基因表达的作用。计划接受减重手术的患者在南非比勒陀利亚招募。

在手术时，采集了内脏和皮下脂肪的组织样本用于分子分析，以及肝脏组织用于组织学检查，同时收集了完整的生化数据。根据组织学结果，患者被分为三组：I组（脂肪变性<5%）、II组（NAFLD，脂肪变性30-50%）和III组（NASH）。这15份样本用于微阵列分析（I-II-III期患者数量分别为6-4-5）。该数据集是TransQST集合的一部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。