HepG2细胞中HNF4a RNAi敲低表达数据
该数据集来自omicsdi.org，属于肿瘤/肝癌分类下的转录组学数据。研究在肝细胞癌细胞系HepG2中通过RNAi敲低重要肝脏转录因子HNF4a，并进行表达谱分析，以识别其部分靶基因
基本信息
资源简介
HepG2细胞中HNF4a RNAi敲低表达数据
该数据集英文名为 Expression Data from HNF4a RNAi Knockdown in HepG2 cells，来源于 omicsdi.org，在分类上归属于肿瘤 / 肝癌方向，主题标签为 Transcriptomics。数据集围绕肝细胞癌细胞系 HepG2 展开，通过 RNAi 技术敲低重要肝脏转录因子 HNF4a，并进行表达谱分析，以识别其部分靶基因。HNF4a 是一种重要的肝脏转录因子，在肝脏中至少调控上千个基因。该数据集与 2010 年 2 月发表于 Hepatology 的论文相配套，论文题为 Integrated approach for the identification of human hepatocyte nuclear factor 4alpha target genes using protein binding microarrays，作者包括 Bolotin E、Liao H、Ta TC、Yang C、Hwang-Verslues W、Evans JR、Jiang T 和 Sladek FM。整体而言，该数据集属于转录组学范畴，服务于肝癌相关基因调控研究。
【数据集背景】
HNF4a 是一种重要的肝脏转录因子，在肝脏中至少调控一千个基因。为了识别 HNF4a 的部分靶基因，研究者在 HepG2 细胞中开展了表达谱分析。HepG2 是一种肝细胞癌细胞系，因此该数据集在分类上归属于肿瘤 / 肝癌方向。该数据集与一篇发表于 Hepatology 2010 年 2 月第 51 卷第 2 期第 642 至 653 页的文章相配套，文章题为 Integrated approach for the identification of human hepatocyte nuclear factor 4alpha target genes using protein binding microarrays，作者为 Bolotin E、Liao H、Ta TC、Yang C、Hwang-Verslues W、Evans JR、Jiang T 和 Sladek FM。该研究的核心思路是通过 RNAi 敲低 HNF4a，再借助表达谱分析来发现受其调控的靶基因。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Transcriptomics，属于转录组学数据。其核心内容是针对 HepG2 细胞在 HNF4a 被 RNAi 敲低后的表达谱分析结果。研究目的在于识别 HNF4a 的部分靶基因。关于数据集所包含的具体样本数量、表达谱平台、检测基因数目、数据文件格式与规模等信息，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 omicsdi.org。在实验层面，针对 HNF4a2 的 RNA 干扰（RNAi）是在 HepG2 细胞中使用小干扰 RNA（siRNA）完成的。所用 siRNA 对应人类 HNF4A（NM_178849）第 +179 至 +197 位核苷酸，其序列为：正义链 siRNA 5'-UGUGCAGGUGUUGACGAUGdTdT-3'，反义链 siRNA 5'-CAUCGUCAACACCUGCACAdTdT-3'，由 Dharmacon（Lafayette, CO）提供。总 RNA 使用 Trizol 提取。关于提取之后的进一步处理、检测平台与数据产出流程，源站未提供完整信息。
【适用场景】
该数据集适用于转录组学相关研究，尤其是围绕肝脏转录因子 HNF4a 靶基因识别的研究。由于实验在肝细胞癌细胞系 HepG2 中进行，该数据集也可用于肿瘤 / 肝癌方向的基因调控与表达谱分析。其配套论文采用蛋白结合微阵列等方法综合识别人类肝细胞核因子 4alpha 靶基因，因此该数据集可作为相关靶基因鉴定工作的表达谱证据来源之一。关于该数据集在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法，包括数据下载方式、预处理流程、分析工具与参数设置等。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估与使用限制的说明。
【引用与许可】
该数据集与 Hepatology 2010 年 2 月第 51 卷第 2 期第 642 至 653 页的文章相配套，文章题为 Integrated approach for the identification of human hepatocyte nuclear factor 4alpha target genes using protein binding microarrays，作者为 Bolotin E、Liao H、Ta TC、Yang C、Hwang-Verslues W、Evans JR、Jiang T 和 Sladek FM。关于该数据集的许可条款与授权信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-29084
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
HNF4a是一种重要的肝脏转录因子，至少调控肝脏中一千个基因。在此，我们利用HepG2细胞（一种肝细胞癌细胞系）中的表达谱分析，通过RNAi敲低HNF4a来鉴定其中的一些靶基因。该数据集伴随发表于《Hepatology》2010年2月;51(2):642-53的文章。该文章题为“使用蛋白质结合微阵列鉴定人肝细胞核因子4α靶基因的综合方法”，作者为Bolotin E, Liao H, Ta TC, Yang C, Hwang-Verslues W, Evans JR, Jiang T, Sladek FM。在HepG2细胞中，针对HNF4a2的RNA干扰（RNAi）是使用对应于人类HNF4A（NM_178849）核苷酸+179至+197的小干扰RNA（siRNA）进行的（正义siRNA：5’-UGUGCAGGUGUUGACGAUGdTdT-3’，反义siRNA：5’-CAUCGUCAACACCUGCACAdTdT-3’）（Dharmacon, Lafayette, CO）。总RNA使用Trizol（Life Technologies, Carlsbad, CA）提取，并使用Reverse Transcription System（Promega, Madison, WI）进行逆转录。聚合酶链反应（PCR）扩增在线性范围内进行（PCR引物列表见支持表3B）。
使用Affymetrix寡核苷酸芯片（HGU133 Plus 2.0）对来自对照组（PGL3 siRNA）或处理组（HNF4a siRNA）的HepG2细胞RNA进行了表达谱分析。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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