ENA数据集UniCal样本
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/肝癌方向，包含四名肝癌患者与四名健康人的血液样本，以及两名肝癌患者的实体肝肿瘤样本
基本信息
资源简介
ENA数据集UniCal样本
该数据集来自 omicsdi.org，属于肿瘤/肝癌方向，包含四名肝癌患者与四名健康人的血液样本，以及两名肝癌患者的实体肝肿瘤样本。血液样本经离心分离血浆后于-80⁰C保存，从5 ml血浆中提取cfDNA，经亚硫酸氢盐转化后构建甲基化测序文库，并以150bp双端读长测序。数据可用于肝癌相关cfDNA甲基化特征分析、肝癌与健康样本的区分研究，以及实体瘤与血浆cfDNA的对比研究（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：本数据集采集了四名肝癌患者和四名健康人的血液样本，以及两名肝癌患者的实体肝肿瘤样本。血液样本先以1,600 × g离心10分钟，然后将血浆转移至新的微量管中，再以16,000 × g离心10分钟。收集血浆并储存于-80⁰C。使用Qiagen QIAamp Circulating Nucleic Acids Kit从5 ml血浆中提取cfDNA，并用Qubit 3.0 Fluoromter（Thermo Fisher Scientific）进行定量。使用EZ-DNA-Methylation-GOLD kit（Zymo Research）对cfDNA进行亚硫酸氢盐转化。之后，使用Accel-NGS Methy-Seq DNA library kit（Swift Bioscience）制备测序文库。随后对DNA文库进行150bp双端读长测序。
【主题与分类】
主题标签：Genomics。本站分类：肿瘤/肝癌。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004317
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004317
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本数据集收集了四名肝癌患者和四名健康人的血液样本，以及两名肝癌患者的实体肝肿瘤样本。血液样本首先在1,600 × g下离心10分钟，然后将血浆转移到新的微量管中，再以16,000 × g离心10分钟。收集血浆并储存在-80°C。使用Qiagen QIAamp循环核酸试剂盒从5毫升血浆中提取cfDNA，并通过Qubit 3.0荧光计（Thermo Fisher Scientific）进行定量。使用EZ-DNA-Methylation-GOLD试剂盒（Zymo Research）对cfDNA进行亚硫酸氢盐转化。之后，使用Accel-NGS Methy-Seq DNA文库试剂盒（Swift Bioscience）制备测序文库。随后，DNA文库采用150bp双端读长进行测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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