肝细胞癌CD45+免疫细胞单细胞转录组droplet数据

该数据集为肝细胞癌(HCC)研究中CD45+免疫细胞的单细胞转录组数据,采用两种单细胞RNA测序技术,覆盖肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结(LN)、血液和腹水五个免疫相关部位,本部分为其中的droplet数据

omicsdi
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基因组分类Genomics
ena-DATASET-BIOPIC-12-02-2020-09:47:27:678-255 - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

肝细胞癌CD45+免疫细胞单细胞转录组droplet数据

该数据集为肝细胞癌(HCC)研究中CD45+免疫细胞的单细胞转录组数据,采用两种单细胞RNA测序技术,覆盖肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结(LN)、血液和腹水五个免疫相关部位,本部分为其中的droplet数据。肝细胞癌的免疫微环境此前表征不足,该数据集通过单细胞层面的转录组信息,为刻画HCC患者免疫相关部位中CD45+免疫细胞的组成与状态提供了数据基础。数据集英文名称为 ena-DATASET-BIOPIC-12-02-2020-09:47:27:678-255 - samples,本站分类为肿瘤 / 肝癌,来源站为 omicsdi.org,主题标签为 Genomics。

【数据集背景】

肝细胞癌(HCC)的免疫微环境此前表征不足,这是该数据集产生的主要背景。为更深入地理解HCC免疫微环境的构成,研究将两种单细胞RNA测序技术相结合,对HCC患者的CD45+免疫细胞进行转录组分析。该数据集即为这一研究工作中产生的droplet数据部分,聚焦于免疫细胞在多个免疫相关部位中的单细胞转录组特征。

【数据内容】

该数据集的内容为CD45+免疫细胞的转录组数据。研究对象为HCC患者,细胞类型限定为CD45+免疫细胞。数据覆盖五个免疫相关部位,分别为:肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结(LN)、血液和腹水。数据由两种单细胞RNA测序技术结合产生,本部分具体为其中的droplet数据。主题标签为Genomics。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、细胞数量、基因数量、测序深度、数据文件格式或数据体积等更细粒度的信息。

【采集与来源】

该数据集来源站为omicsdi.org,数据集英文名称为 ena-DATASET-BIOPIC-12-02-2020-09:47:27:678-255 - samples。其数据来自HCC患者,采集的免疫相关部位包括肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结(LN)、血液和腹水。数据通过两种单细胞RNA测序技术获得,本部分为droplet数据。关于具体的采集流程、伦理审批信息、患者纳入标准、样本处理细节等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与肝细胞癌免疫微环境相关的研究场景,尤其是需要在单细胞水平考察CD45+免疫细胞转录组特征的分析。由于数据覆盖肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结、血液和腹水五个免疫相关部位,可用于比较不同免疫相关部位之间免疫细胞的转录组差异,或用于HCC免疫微环境的探索性研究。该数据集为droplet数据,也可用于与同一研究中其他单细胞RNA测序技术产生的数据相互参照。关于具体的分析用途、推荐工具或下游应用方向,源站未提供。

【使用方法】

该数据集为单细胞转录组数据,本部分为droplet数据。使用时应结合其研究背景,即HCC患者CD45+免疫细胞、五个免疫相关部位以及两种单细胞RNA测序技术相结合的设计。关于数据下载方式、文件组织方式、预处理步骤、分析流程、软件参数等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于两种单细胞RNA测序技术产生,本部分为droplet数据,覆盖五个免疫相关部位。关于数据质量指标、批次效应、细胞过滤标准、测序质量评估、覆盖度、重复性等信息,源站未提供。使用者在解释结果时需注意,该数据集仅涵盖CD45+免疫细胞,并不代表全部细胞类型;同时其覆盖部位虽包括肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结、血液和腹水,但关于各部位样本量是否均衡等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为omicsdi.org,数据集英文名称为 ena-DATASET-BIOPIC-12-02-2020-09:47:27:678-255 - samples。关于引用方式、许可协议、使用限制、数据访问权限等信息,源站未提供。

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源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005961

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肝细胞癌(HCC)的免疫微环境特征尚不明确。结合两种单细胞RNA测序技术,我们为HCC患者生成了来自五个免疫相关部位的CD45+免疫细胞转录组:肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结(LN)、血液和腹水。这是本研究的液滴数据。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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