肝细胞癌免疫微环境单细胞转录组数据集（Smartseq2部分）
该数据集来源于omicsdi.org，聚焦肝细胞癌（HCC）的免疫微环境，属于肿瘤/肝癌分类。数据整合两种单细胞RNA测序技术，产出HCC患者CD45+免疫细胞的转录组，覆盖五个免疫相关部位：肿瘤、癌旁肝组织、肝淋巴结（LN）、血液和腹水
基本信息
资源简介
肝细胞癌免疫微环境单细胞转录组数据集（Smartseq2部分）
该数据集聚焦肝细胞癌（HCC）的免疫微环境研究，整合两种单细胞RNA测序技术，产出HCC患者CD45+免疫细胞的转录组数据。数据覆盖五个免疫相关部位：肿瘤、癌旁肝组织、肝淋巴结（LN）、血液和腹水。作为Smartseq2数据的一部分，该数据集为理解肝癌免疫微环境的细胞组成与转录特征提供了单细胞层面的资源。其分类归属于肿瘤/肝癌，主题标签为基因组学，来源站为omicsdi.org。整体而言，该数据集旨在弥补肝细胞癌免疫微环境表征不足的问题，通过多部位采样与单细胞技术结合，为后续免疫机制研究、生物标志物发现及治疗策略探索提供基础数据支撑。
【数据集背景】
肝细胞癌（HCC）的免疫微环境此前表征不足。为深入理解其免疫组成，相关研究结合两种单细胞RNA测序技术，对HCC患者的CD45+免疫细胞进行转录组分析。该数据集正是这一研究背景下的产物，属于Smartseq2数据的一部分，旨在从单细胞分辨率揭示HCC免疫微环境在不同免疫相关部位之间的异质性。其分类为肿瘤/肝癌，主题标签为基因组学，来源站为omicsdi.org。
【数据内容】
该数据集包含HCC患者CD45+免疫细胞的转录组数据。数据覆盖五个免疫相关部位：肿瘤、癌旁肝组织、肝淋巴结（LN）、血液和腹水。通过整合两种单细胞RNA测序技术，获得了这些部位免疫细胞的转录组信息。数据集英文名称为ena-DATASET-BIOPIC-12-02-2020-09:38:58:819-253 - samples。该数据集是Smartseq2数据的一部分，专注于CD45+免疫细胞群体。
【采集与来源】
数据来源于omicsdi.org。样本来自HCC患者，采集部位包括肿瘤、癌旁肝组织、肝淋巴结（LN）、血液和腹水。研究结合了两种单细胞RNA测序技术以生成转录组数据。该数据集属于Smartseq2数据的一部分。关于具体的样本数量、患者数量、测序深度、采集时间等详细信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肝细胞癌免疫微环境的相关研究。具体而言，可用于分析CD45+免疫细胞在肿瘤、癌旁肝组织、肝淋巴结、血液和腹水五个部位之间的转录组差异，探索免疫细胞亚群组成、功能状态及其在肝癌进展中的潜在作用。也可用于单细胞RNA测序数据分析方法的开发与验证，以及与其他HCC单细胞数据集的整合比较研究。主题标签为基因组学，适合基因组学与肿瘤免疫交叉领域的研究使用。
【使用方法】
该数据集为单细胞转录组数据，属于Smartseq2数据的一部分。使用者可根据单细胞RNA测序数据的常规分析流程进行处理，包括数据下载、质量控制、比对、表达定量、细胞聚类与注释等。由于数据覆盖五个免疫相关部位，可进行部位间比较分析。具体的数据格式、文件组织方式、下载途径及分析工具建议，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集基于两种单细胞RNA测序技术整合而成，属于Smartseq2数据的一部分。关于数据质量指标（如测序深度、细胞存活率、批次效应等）、样本量、患者临床信息、数据完整性及潜在技术偏差等具体信息，源站未提供。使用者需注意数据覆盖范围限于CD45+免疫细胞，不包含非免疫细胞信息。此外，五个部位的样本代表性及技术整合带来的影响，源站未提供相关说明。
【引用与许可】
该数据集的来源站为omicsdi.org。关于具体的引用方式、许可协议、使用条款及数据访问权限等信息，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005960
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肝细胞癌（HCC）的免疫微环境特征尚不明确。结合两种单细胞RNA测序技术，我们为HCC患者从五个免疫相关部位（肿瘤、邻近肝脏、肝淋巴结（LN）、血液和腹水）生成了CD45+免疫细胞的转录组。此数据集是Smartseq2数据的一部分。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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