EGAS00001002413-sc-20190123 肝细胞样本数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001004578

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

慢性肝损伤易导致肝硬化和肝细胞癌，但肝病中体细胞突变如何积累尚不清楚。我们对来自5个正常肝脏和6个肝硬化肝脏的100-500个肝细胞的400个显微切割样本进行了全基因组测序。与正常肝脏相比，肝硬化肝脏具有更高的突变负荷，尤其是结构变异，包括染色体碎裂。肝硬化结节呈寡克隆性；有时完全源自一个近期共同祖先。在肝硬化中，直径达数毫米的克隆扩增在缺乏已知驱动突变的情况下发生。内源性突变过程占主导，尽管部分样本中存在多环芳烃和马兜铃酸暴露的特征。在相邻肝硬化结节之间，外源性突变特征活性存在高达10倍的患者内差异，克隆特异性和微环境因素共同塑造了这种异质性。同步发生的肝细胞癌与背景肝硬化肝脏具有相同的突变特征谱，但负荷更高。

体细胞突变记录了肝脏组织从健康到疾病进展过程中的暴露、毒性、再生和克隆结构。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。