HBV相关肝纤维化患者基因表达谱特征

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-84044

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乙型肝炎病毒（HBV）感染是肝纤维化（LF）和肝细胞癌的主要危险因素。新出现的证据表明，宿主遗传、病毒学和免疫学因素会影响纤维化进展。许多先前的研究集中在肝纤维化机制中的特定通路或基因，然而，HBV相关肝纤维化患者全基因组表达谱的整体视图从未被研究过，促进肝纤维化进展的潜在机制仍不清楚。在此，我们收集了124例慢性乙型肝炎（CHB）患者的肝活检样本，并使用Affymetrix HG U133 Plus 2.0微阵列对这些患者的转录组进行了定量。通过整合数据分析，包括基因集富集分析（GSEA）、加权基因共表达分析（WGCNA）、差异表达基因（DEG）筛选、趋势检验、主成分分析（PCA）等，我们确定了几个参与肝纤维化进展启动和恶化的关键通路和枢纽基因。这些枢纽基因的功能也通过使用HepG2、Huh7和LX-2细胞系以及转基因小鼠的体外和体内实验得到了验证。

这是首个针对HBV相关LF患者基因表达谱的大规模研究，对于揭示纤维化进程中基因功能及基因间相关性至关重要。研究收集了124例CHB患者的肝活检样本，依据炎症和纤维化严重程度对每份样本进行病理Scheuer评分，并比较分析了不同阶段样本的基因表达。该数据集是TransQST集合的一部分。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。