HBV和HCV相关肝细胞癌中的异常DNA甲基化

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-19665

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

乙型肝炎病毒（HBV）和丙型肝炎病毒（HCV）的慢性感染似乎是肝细胞癌（HCC）最重要的病因。已知异常的启动子甲基化与包括HCC在内的癌症密切相关。本研究通过甲基化DNA免疫沉淀-芯片分析，在全基因组范围内分析了6例HCC（包括3例HBV相关和3例HCV相关HCC）、6份匹配的非癌肝组织和3份正常肝组织中的异常启动子甲基化。在HCV相关HCC中更频繁地检测到启动子甲基化的候选基因。检测并筛选出优先在HBV相关或HCV相关HCC中甲基化的候选基因，并使用125份肝组织样本（包括61例HCC，其中28例HBV相关HCC和33例HCV相关HCC，以及匹配的59份非癌肝组织和5份正常肝组织）通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱定量甲基化分析对所选基因的甲基化水平进行了验证。在分析的基因中，仅在1个基因中验证了HBV相关HCC中的优先甲基化。然而，发现15个基因在HCV相关HCC中优先甲基化，且这一现象与年龄无关。

使用这15个基因对HCC进行层次聚类，将HCV相关HCC分层为频繁甲基化样本的一个聚类。这15个基因包括对癌症相关信号通路（如RAS/RAF/ERK和Wnt/b-catenin通路）具有抑制作用的基因。这表明存在优先在HCV相关HCC中甲基化的基因，并提示DNA甲基化可能通过沉默癌症相关通路抑制因子在HCV相关HCC中发挥重要作用。我们通过该方法在全基因组尺度上分析了6例HCC临床样本（包括3例HBV相关HCC和3例HCV相关HCC）及其匹配的非癌组织中的异常启动子甲基化。筛选出优先在HBV相关HCC和HCV相关HCC中发生启动子甲基化的候选区域，并检测了这些基因的甲基化水平

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。