儿童B系急性淋巴细胞白血病TEL/AML1阳性患者转录谱分析揭示五个不同生物学过程与14个差异表达基因

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-9170

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数据说明

背景：t(12;21)(p13;q22)易位见于20%至25%的儿童B系急性淋巴细胞白血病(B-ALL)病例。该重排导致ETV6(TEL)与RUNX1(AML1)基因融合，并界定出一个相对一致的类别，尽管仅部分患者出现极晚期复发。因此，TEL/AML1阳性患者是值得研究的有趣亚组，此类研究应能阐明TEL/AML1发病机制背后的生物学过程。我们报告了使用Agilent全基因组寡核苷酸芯片(44K-G4112A)和/或实时RT-PCR对60例B系ALL患儿进行的基因表达分析。结果：我们将16例TEL/AML1阳性ALL患者的白血病细胞基因表达谱与44例TEL/AML1阴性患者进行了比较，后者的原始细胞不包含任何额外的复发性易位。对26份样本的微阵列分析得以识别TEL/AML1阳性与阴性ALL组之间差异表达的基因。

基因富集分析确定了五个富集的GO类别：细胞分化、细胞增殖、细胞凋亡、细胞运动和创伤反应，与14个基因——RUNX1、TCFL5、TNFRSF7、CBFA2T3、CD9、SCARB1、TP53INP1、ACVR1C、PIK3C3、EGFL7、SEMA6A、CTGF、LSP1、TFPI——相关联，突显了TEL/AML1亚组的生物学特征。这些结果首先通过分析另一组微阵列数据集（7例患者样本）得到证实，其次通过实时RT-PCR定量和聚类分析，使用独立的一组（27例患者样本）进行验证。进一步研究了RUNX1（AML1）的过表达，并在三分之一的患者中与细胞遗传学发现相关。结论：对60例TEL/AML1阳性和阴性B系急性淋巴细胞白血病患儿的白血病细胞进行基因表达分析，识别出五个生物学过程，与14个经验证的基因相关联，这些基因刻画并突显了TEL/AML1阳性急性淋巴细胞白血病亚组的生物学特征。实验总体

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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