来自9种不同癌症组织的人源细胞系转录谱分析(NCI-60)(U133平台)
该数据集为NCI-60细胞系面板在U133平台上的转录谱分析数据,覆盖来自9种不同癌症组织来源类型的细胞系,包括乳腺癌、中枢神经系统癌、结肠癌、白血病、黑色素瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌和肾癌

基本信息
资源简介
来自9种不同癌症组织的人源细胞系转录谱分析(NCI-60)(U133平台)
该数据集为NCI-60细胞系面板在U133平台上的转录谱分析数据,覆盖来自9种不同癌症组织来源类型的细胞系,包括乳腺癌、中枢神经系统癌、结肠癌、白血病、黑色素瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌和肾癌。NCI-60是肿瘤研究中广泛使用的细胞系资源,本数据集通过转录组学手段对这些细胞系进行表达谱刻画,可用于比较不同组织来源肿瘤细胞系之间的基因表达差异。数据集主题标签为Transcriptomics,本站分类归入肿瘤/白血病方向,来源站为omicsdi.org。整体而言,该数据集提供了跨多种癌症类型的细胞系转录谱信息,适合用于肿瘤分子分型、组织来源特征分析以及转录组层面的比较研究。
【数据集背景】
NCI-60细胞系面板由美国国家癌症研究所建立,包含来自多种癌症组织来源的细胞系,长期用于抗癌药物筛选与肿瘤生物学研究。本数据集聚焦于该面板中9种不同癌症组织来源类型的细胞系,包括乳腺癌、中枢神经系统癌、结肠癌、白血病、黑色素瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌和肾癌。通过在U133平台上开展转录谱分析,研究者可以从基因表达层面刻画这些细胞系的分子特征,进而探讨不同组织来源肿瘤之间的表达异同。该数据集的主题标签为Transcriptomics,表明其核心内容为转录组水平的表达谱数据。
【数据内容】
本数据集为NCI-60细胞系面板在U133平台上的转录谱分析数据,覆盖来自9种不同癌症组织来源类型的细胞系。源站描述指出,该实验的整体设计即为对来自9种不同癌症组织来源类型的细胞系进行比较。所涉及的组织来源类型包括:乳腺癌、中枢神经系统癌、结肠癌、白血病、黑色素瘤、非小细胞肺癌、卵巢癌、前列腺癌和肾癌。数据内容围绕这些细胞系的转录表达谱展开,属于转录组学范畴。除上述信息外,源站未提供关于具体基因数量、样本数量、表达值范围等更细粒度的数据内容说明。
【采集与来源】
该数据集的来源站为omicsdi.org。数据集英文名称为“Transcription profiling of human cell lines from 9 different cancer tissue (NCI-60) (U133 platform)”,表明其采集对象为人源细胞系,采集平台为U133平台,采集范围覆盖NCI-60面板中9种不同癌症组织来源类型的细胞系。源站描述中列出了这9种组织来源类型,并说明实验整体设计为对这些细胞系进行比较。关于具体的样本采集流程、实验操作步骤、平台版本细节、数据生成时间等信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其转录组学主题标签和跨9种癌症组织来源的细胞系覆盖范围,该数据集适用于肿瘤转录组层面的比较研究,例如分析不同组织来源肿瘤细胞系之间的基因表达差异、探索组织来源相关的表达特征、开展肿瘤分子分型相关的方法学研究等。由于本站分类将其归入肿瘤/白血病方向,该数据集也可用于白血病相关细胞系与其他实体瘤细胞系之间的转录谱比较。此外,在抗癌药物研究背景下,NCI-60细胞系面板常被用于药物敏感性相关分析,本转录谱数据可作为表达层面的参考信息。但需注意,源站未提供该数据集在具体应用场景中的验证结论或推荐用途,上述适用方向仅基于其数据主题与覆盖范围的一般性推断。
【使用方法】
源站未提供关于该数据集具体使用方法的说明,包括数据下载方式、文件格式、预处理流程、标准化方法、分析工具推荐等信息均未在给定内容中体现。使用者如需使用该数据集,应参考来源站omicsdi.org提供的相关说明或原始数据记录。由于缺乏具体的使用指引,无法在本描述中给出操作层面的建议。
【质量与限制】
源站未提供关于该数据集质量评估、数据完整性、批次效应、技术重复、缺失值情况等方面的具体信息。已知的限制包括:该数据集仅覆盖NCI-60面板中9种癌症组织来源类型的细胞系,未涵盖其他组织来源类型;数据基于U133平台,平台特异性可能影响与其他平台数据的直接比较。此外,源站描述较为简略,未提供样本量、基因覆盖度、数据版本等关键元数据,使用者需自行核实数据的适用性与可靠性。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或版权信息。使用者应访问来源站omicsdi.org查询相关的引用要求与许可规定。在未获得明确许可信息的情况下,不应假设该数据集可自由使用或再分发。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-5720
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自NCI-60面板的9种不同癌症组织起源类型(乳腺、中枢神经系统、结肠、白血病、黑色素瘤、非小细胞肺癌、卵巢、前列腺、肾)的细胞系之间的比较。实验总体设计:来自9种不同癌症组织起源类型的细胞系。
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